More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4062 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  100 
 
 
389 aa  796    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.17 
 
 
389 aa  781    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  97.94 
 
 
389 aa  786    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.32 
 
 
388 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.02 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  72.02 
 
 
388 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.32 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.8 
 
 
388 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  71.65 
 
 
388 aa  599  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.5 
 
 
388 aa  594  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.8 
 
 
387 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  72.28 
 
 
388 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.72 
 
 
387 aa  586  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  71.91 
 
 
387 aa  585  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.02 
 
 
387 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  72.42 
 
 
387 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.88 
 
 
387 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.16 
 
 
387 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.39 
 
 
387 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.58 
 
 
389 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.95 
 
 
388 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.95 
 
 
388 aa  565  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.69 
 
 
388 aa  564  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  70.29 
 
 
379 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  62.34 
 
 
388 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.69 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  50.26 
 
 
389 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  48.96 
 
 
388 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  47.04 
 
 
389 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.89 
 
 
388 aa  342  9e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.19 
 
 
386 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.96 
 
 
386 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.19 
 
 
386 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  44.25 
 
 
389 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.89 
 
 
388 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.89 
 
 
388 aa  316  6e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  45.01 
 
 
388 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.38 
 
 
384 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.72 
 
 
373 aa  127  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.23 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.23 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.23 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.23 
 
 
398 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.88 
 
 
421 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 
398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.5 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
396 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.91 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.73 
 
 
377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.08 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.64 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.13 
 
 
370 aa  109  9.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.68 
 
 
378 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.64 
 
 
369 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  29.62 
 
 
383 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.62 
 
 
367 aa  107  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  28.06 
 
 
359 aa  104  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.66 
 
 
378 aa  104  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
375 aa  104  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.01 
 
 
384 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.73 
 
 
385 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
369 aa  103  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  27.99 
 
 
362 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.06 
 
 
381 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
381 aa  99  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.13 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.33 
 
 
381 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.86 
 
 
396 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.52 
 
 
369 aa  96.3  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.01 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.32 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.9 
 
 
387 aa  94  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.84 
 
 
400 aa  93.2  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.87 
 
 
374 aa  91.3  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.69 
 
 
351 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.19 
 
 
395 aa  90.1  6e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.83 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.76 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.78 
 
 
379 aa  88.6  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25.13 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.97 
 
 
389 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.38 
 
 
370 aa  87.4  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 
453 aa  87.4  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.61 
 
 
379 aa  87.4  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.12 
 
 
371 aa  86.3  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  34.21 
 
 
361 aa  86.3  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.08 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.27 
 
 
388 aa  85.9  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.16 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.51 
 
 
380 aa  84.7  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  23.28 
 
 
369 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.37 
 
 
405 aa  84  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  26.51 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.28 
 
 
390 aa  83.2  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
377 aa  82.8  0.000000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.05 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
382 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.18 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>