More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3779 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.81 
 
 		 307 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.64 
 
 		 311 aa  269  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  45.26 
 
 		 306 aa  268  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  45.86 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.64 
 
 		 311 aa  266  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  45.83 
 
 		 307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.29 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  45.2 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  45.2 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  45.2 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  45.2 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  44.84 
 
 		 311 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.94 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.56 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.04 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  44.48 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  44.56 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  46.62 
 
 		 311 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  46.62 
 
 		 311 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  46.62 
 
 		 311 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  46.62 
 
 		 311 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.54 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.88 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.54 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  46.26 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.54 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.88 
 
 		 304 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.54 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.2 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  42.71 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  42.71 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  42.71 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.24 
 
 		 311 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.45 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  43.45 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.53 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 322 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  31.4 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  31.52 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5316  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>