More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2406 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 282 aa  563  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  99.29 
 
 		 282 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  97.16 
 
 		 282 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  93.59 
 
 		 282 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  78.93 
 
 		 284 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  79.06 
 
 		 284 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  77.86 
 
 		 284 aa  417  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  76.81 
 
 		 278 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  76.98 
 
 		 284 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  75.9 
 
 		 284 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  63.77 
 
 		 291 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  60 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 		 284 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  59.54 
 
 		 296 aa  289  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  62.09 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  58.33 
 
 		 284 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  55.12 
 
 		 289 aa  278  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  58.87 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  57.95 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  58.15 
 
 		 289 aa  269  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 		 299 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  58.53 
 
 		 284 aa  265  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  58.24 
 
 		 284 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  57.55 
 
 		 284 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 		 284 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 		 284 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 		 284 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  57.85 
 
 		 284 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  57.47 
 
 		 284 aa  261  8e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  54.09 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  55.63 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 289 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  51.99 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 276 aa  231  9e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  50.34 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  42.45 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 		 285 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.45 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  35.99 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  36.19 
 
 		 288 aa  148  9e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.02 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  39.02 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  29.79 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 268 aa  139  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 268 aa  139  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  27.9 
 
 		 279 aa  137  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  28.67 
 
 		 278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  28.87 
 
 		 280 aa  136  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.59 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 278 aa  129  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 276 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.85 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 286 aa  125  7e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  31.37 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.18 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>