51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0607 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0607  type IV pili biogenesis protein FimT, putative  100 
 
 		 160 aa  322  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0648  hypothetical protein  96.88 
 
 		 160 aa  288  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0653  type IV pili biogenesis protein FimT  72.5 
 
 		 161 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.679722  normal  0.506575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4555  type IV pili biogenesis protein FimT  67.5 
 
 		 163 aa  201  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.691315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  30.59 
 
 		 184 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  32.34 
 
 		 166 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  30.54 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.32 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  27.85 
 
 		 171 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  28.31 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  26.32 
 
 		 160 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  26.32 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.39 
 
 		 170 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.39 
 
 		 170 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  21.76 
 
 		 192 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.39 
 
 		 170 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  24.32 
 
 		 155 aa  52  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0489  methylation  28.3 
 
 		 175 aa  52  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.76 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  32.05 
 
 		 203 aa  50.8  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.23 
 
 		 151 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.1 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  26.83 
 
 		 214 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  21.47 
 
 		 177 aa  48.9  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.33 
 
 		 214 aa  48.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3040  general secretion pathway protein H  26.56 
 
 		 177 aa  48.1  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504644  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  23.73 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  25.29 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.37 
 
 		 194 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0297  hypothetical protein  24.55 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  27.16 
 
 		 201 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  25.83 
 
 		 162 aa  45.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  23.98 
 
 		 187 aa  45.1  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  27.17 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  29.11 
 
 		 169 aa  44.3  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  29.87 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  27.27 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  27.27 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  21.79 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.73 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0856  pilus assembly protein  26.35 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  24.44 
 
 		 208 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.78 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.86 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  28.89 
 
 		 195 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  28.89 
 
 		 195 aa  41.2  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  22.75 
 
 		 200 aa  40.8  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.66 
 
 		 164 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0219  putative type IV pilin  31.58 
 
 		 182 aa  40.8  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.130638 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  22.54 
 
 		 170 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0777  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  26.32 
 
 		 185 aa  40.8  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>