More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3901 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3901  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 416 aa  823    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4078  major facilitator superfamily MFS_1  94.23 
 
 		 417 aa  741    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3681  major facilitator transporter  58.27 
 
 		 414 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0636  hypothetical protein  49.35 
 
 		 400 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.108521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0173  major facilitator superfamily MFS_1  32.44 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0180  major facilitator superfamily MFS_1  31.56 
 
 		 414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1278  hypothetical protein  26.74 
 
 		 404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1279  hypothetical protein  27.03 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1455  major facilitator transporter  26.22 
 
 		 404 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1351  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  26.9 
 
 		 416 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0854503  normal  0.0233504 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  25.13 
 
 		 410 aa  90.5  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  26.95 
 
 		 416 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0169  major facilitator superfamily permease  24.54 
 
 		 411 aa  86.3  9e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  22.69 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2319  major facilitator superfamily MFS_1  23.44 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1063  major facilitator transporter  27.1 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6539  major facilitator transporter  26.3 
 
 		 420 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.516365  normal  0.497614 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0960  major facilitator superfamily MFS_1  26.25 
 
 		 413 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.272153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  27.49 
 
 		 412 aa  79.7  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  27.06 
 
 		 413 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0106  major facilitator transporter  22.59 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4868  major facilitator transporter  25 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.174951 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0110  major facilitator transporter  22.59 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00896  transport transmembrane protein  25.82 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1699  multidrug resistance protein B  23.7 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1943  major facilitator family transporter  23.7 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1722  major facilitator family transporter  23.7 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.636951  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1674  multidrug resistance protein B  23.7 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1858  major facilitator family transporter  23.7 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.817955  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2577  major facilitator superfamily MFS_1  23.12 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.363231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1974  major facilitator family transporter  23.7 
 
 		 404 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  24.72 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6746  major facilitator superfamily MFS_1  23.84 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  23.26 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1896  major facilitator family transporter  23.46 
 
 		 404 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3483  major facilitator family transporter  23.21 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1859  major facilitator family transporter  23.46 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.757692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3953  major facilitator transporter  26.88 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.690116  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0710  major facilitator superfamily MFS_1  25.89 
 
 		 404 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0726  putative multidrug resistance protein  27.61 
 
 		 487 aa  71.6  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  24.22 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1231  major facilitator superfamily permease  23.8 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  24.65 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3215  major facilitator transporter  27.34 
 
 		 411 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0334409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  25 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  23.88 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0850  major facilitator superfamily MFS_1  21.74 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1478  major facilitator superfamily MFS_1  22.93 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.311538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2339  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 406 aa  66.6  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0304665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  22.9 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0418  major facilitator superfamily MFS_1  25.58 
 
 		 403 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  22.05 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1645  major facilitator superfamily permease  21.16 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  24.26 
 
 		 425 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  22.82 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  22.28 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0478  major facilitator superfamily transporter  25.32 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0436  major facilitator superfamily MFS_1  25.32 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.263395  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0424  major facilitator superfamily MFS_1  25.32 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.477286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  24.12 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3239  major facilitator superfamily MFS_1  23.1 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1882  major facilitator transporter  26.29 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.123167  hitchhiker  0.000918142 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0747  major facilitator transporter  24.28 
 
 		 400 aa  63.2  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  28.74 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1917  major facilitator family transporter  25.29 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0693  major facilitator superfamily permease  29.63 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.883245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4444  multidrug resistance protein  23.64 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.239413 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  24.48 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  24.13 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  21.45 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  26.14 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0999  multidrug resistance protein  23.64 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000493568  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0813  major facilitator superfamily MFS_1  24.88 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  26.83 
 
 		 426 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  23.08 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1465  major facilitator transporter  35 
 
 		 473 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1203  major facilitator superfamily MFS_1  22.84 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  25.52 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0127  major facilitator superfamily permease  22.93 
 
 		 398 aa  59.7  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0361045  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1079  major facilitator transporter  23.06 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000078531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  26.14 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  24.48 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2404  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.06 
 
 		 480 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0469285  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  22.73 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  22.8 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.48 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1042  major facilitator superfamily MFS_1  29.08 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0509  major facilitator superfamily permease  25.38 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1273  multidrug resistance efflux transporter, authentic frameshift  25.84 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141298  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  27.43 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0468  multidrug resistance efflux transporter  22.47 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000018519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  23.96 
 
 		 393 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  25.41 
 
 		 436 aa  57  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2214  major facilitator superfamily MFS_1  30.53 
 
 		 529 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.146904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  24.16 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4340  major facilitator transporter  25.64 
 
 		 480 aa  56.6  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.199167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2210  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.47 
 
 		 480 aa  56.2  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.207946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2149  drug resistance transporter  26.47 
 
 		 480 aa  56.2  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2374  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.47 
 
 		 480 aa  56.2  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2392  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  26.47 
 
 		 480 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>