More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0813 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1042  major facilitator superfamily MFS_1  96.97 
 
 
397 aa  759    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0813  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
397 aa  784    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3239  major facilitator superfamily MFS_1  78.59 
 
 
397 aa  629  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2339  major facilitator transporter  74.06 
 
 
406 aa  608  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0304665  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  70.35 
 
 
410 aa  578  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3167  major facilitator superfamily MFS_1  74.31 
 
 
400 aa  580  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0418  major facilitator superfamily MFS_1  71.76 
 
 
403 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0436  major facilitator superfamily MFS_1  71.76 
 
 
403 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.263395  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0424  major facilitator superfamily MFS_1  71.76 
 
 
403 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.477286  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0478  major facilitator superfamily transporter  71.76 
 
 
403 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1882  major facilitator transporter  59.39 
 
 
411 aa  473  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.123167  hitchhiker  0.000918142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01049  predicted drug efflux system  60 
 
 
408 aa  454  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2593  major facilitator superfamily MFS_1  60 
 
 
408 aa  454  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.288035  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2547  drug efflux system protein MdtG  60 
 
 
408 aa  454  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0112458  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1174  drug efflux system protein MdtG  60 
 
 
408 aa  454  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.571838  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2077  drug efflux system protein MdtG  60.26 
 
 
408 aa  455  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.894184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01057  hypothetical protein  60 
 
 
408 aa  454  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.276646  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1175  drug efflux system protein MdtG  59.85 
 
 
409 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.504278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2219  drug efflux system protein MdtG  60.51 
 
 
404 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1221  drug efflux system protein MdtG  60.26 
 
 
404 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1250  drug efflux system protein MdtG  60.51 
 
 
404 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.955403  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2035  drug efflux system protein MdtG  60.51 
 
 
404 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1265  drug efflux system protein MdtG  60.26 
 
 
404 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  48.98 
 
 
402 aa  377  1e-103  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  47.09 
 
 
410 aa  373  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0509  major facilitator superfamily permease  50.26 
 
 
403 aa  372  1e-102  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1455  major facilitator transporter  47.58 
 
 
404 aa  371  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0169  major facilitator superfamily permease  45.69 
 
 
411 aa  355  1e-96  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0127  major facilitator superfamily permease  46.63 
 
 
398 aa  346  3e-94  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0361045  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3483  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  346  4e-94  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1896  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  345  6e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1859  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  345  7e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.757692  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1699  multidrug resistance protein B  46.58 
 
 
404 aa  345  8.999999999999999e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1943  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  345  1e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1722  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  345  1e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.636951  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1674  multidrug resistance protein B  46.58 
 
 
404 aa  345  1e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1974  major facilitator family transporter  46.73 
 
 
404 aa  345  1e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1858  major facilitator family transporter  46.58 
 
 
404 aa  345  1e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.817955  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0693  major facilitator superfamily permease  45.43 
 
 
405 aa  337  2.9999999999999997e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.883245  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  45.04 
 
 
406 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1645  major facilitator superfamily permease  43.86 
 
 
409 aa  329  6e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1478  major facilitator superfamily MFS_1  43.07 
 
 
399 aa  322  6e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.311538  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1774  major facilitator superfamily permease  42.52 
 
 
404 aa  315  7e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179467 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1485  multi-drug resistance protein  48.57 
 
 
389 aa  314  1.9999999999999998e-84  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1079  major facilitator transporter  41.95 
 
 
407 aa  306  4.0000000000000004e-82  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000078531  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3953  major facilitator transporter  43.73 
 
 
431 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.690116  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0726  putative multidrug resistance protein  42.75 
 
 
487 aa  299  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00896  transport transmembrane protein  42.56 
 
 
406 aa  298  9e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1351  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  42.04 
 
 
416 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0854503  normal  0.0233504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  42.15 
 
 
413 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0960  major facilitator superfamily MFS_1  42.67 
 
 
413 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.272153  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6746  major facilitator superfamily MFS_1  39.69 
 
 
423 aa  286  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4868  major facilitator transporter  42.08 
 
 
418 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.174951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6539  major facilitator transporter  39.84 
 
 
420 aa  279  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.516365  normal  0.497614 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  40.11 
 
 
416 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1917  major facilitator family transporter  43.29 
 
 
415 aa  276  7e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3215  major facilitator transporter  37.31 
 
 
411 aa  259  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0334409  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2577  major facilitator superfamily MFS_1  39.9 
 
 
395 aa  258  2e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.363231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1203  major facilitator superfamily MFS_1  35.7 
 
 
410 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  36 
 
 
412 aa  226  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0850  major facilitator superfamily MFS_1  36.9 
 
 
406 aa  225  1e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0468  multidrug resistance efflux transporter  34.26 
 
 
394 aa  221  1.9999999999999999e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000018519  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1273  multidrug resistance efflux transporter, authentic frameshift  34.52 
 
 
394 aa  220  3e-56  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141298  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2319  major facilitator superfamily MFS_1  33.84 
 
 
407 aa  218  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1231  major facilitator superfamily permease  33.42 
 
 
401 aa  215  8e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1063  major facilitator transporter  35.73 
 
 
407 aa  211  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0710  major facilitator superfamily MFS_1  34.81 
 
 
404 aa  190  4e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0507  major facilitator transporter  33.54 
 
 
450 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0233513  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0106  major facilitator transporter  24.75 
 
 
418 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0110  major facilitator transporter  24.75 
 
 
418 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  30.83 
 
 
392 aa  97.1  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  27.06 
 
 
387 aa  96.7  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  24.8 
 
 
408 aa  94  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  26.2 
 
 
411 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  26.22 
 
 
411 aa  92  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1318  major facilitator transporter  25.43 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  27.59 
 
 
408 aa  90.9  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  27.06 
 
 
370 aa  90.5  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  25.77 
 
 
423 aa  90.1  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  25.94 
 
 
411 aa  89.7  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  27.32 
 
 
396 aa  89  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  25.96 
 
 
425 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4635  major facilitator superfamily MFS_1  26.8 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.720897 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  24.78 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  24.75 
 
 
424 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  25.58 
 
 
411 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  25.52 
 
 
424 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  22.69 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  24.63 
 
 
417 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2873  major facilitator transporter  27.41 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.896526  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15980  arabinose efflux permease family protein  30.64 
 
 
402 aa  79.7  0.00000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235485 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  27.14 
 
 
389 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  25.48 
 
 
424 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  29.55 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  27.2 
 
 
412 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  29 
 
 
414 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  32.94 
 
 
422 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04141  predicted transporter  24.73 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  25.45 
 
 
421 aa  77.8  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04104  hypothetical protein  24.73 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>