More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00896 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00896  transport transmembrane protein  100 
 
 		 406 aa  785    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3953  major facilitator transporter  63.54 
 
 		 431 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.690116  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0726  putative multidrug resistance protein  63.57 
 
 		 487 aa  508  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0960  major facilitator superfamily MFS_1  66.25 
 
 		 413 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.272153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3215  major facilitator transporter  67.99 
 
 		 411 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0334409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  65.71 
 
 		 413 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1351  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  62.4 
 
 		 416 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0854503  normal  0.0233504 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1917  major facilitator family transporter  60.85 
 
 		 415 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6746  major facilitator superfamily MFS_1  52.73 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  52.97 
 
 		 416 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6539  major facilitator transporter  53.44 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.516365  normal  0.497614 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4868  major facilitator transporter  51.83 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.174951 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1455  major facilitator transporter  44.53 
 
 		 404 aa  359  4e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  43.25 
 
 		 410 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1478  major facilitator superfamily MFS_1  42.86 
 
 		 399 aa  338  9e-92  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.311538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  43.86 
 
 		 406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1943  major facilitator family transporter  43.75 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1722  major facilitator family transporter  43.75 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.636951  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1674  multidrug resistance protein B  43.75 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1858  major facilitator family transporter  43.75 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.817955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1974  major facilitator family transporter  44.27 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1699  multidrug resistance protein B  43.5 
 
 		 404 aa  336  5e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1896  major facilitator family transporter  43.5 
 
 		 404 aa  334  2e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3483  major facilitator family transporter  43.25 
 
 		 404 aa  333  4e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1859  major facilitator family transporter  43 
 
 		 404 aa  331  1e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.757692  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1882  major facilitator transporter  41.52 
 
 		 411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.123167  hitchhiker  0.000918142 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1042  major facilitator superfamily MFS_1  43.08 
 
 		 397 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2339  major facilitator transporter  42.15 
 
 		 406 aa  300  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0304665  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01049  predicted drug efflux system  42.42 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2593  major facilitator superfamily MFS_1  42.42 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.288035  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01057  hypothetical protein  42.42 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.276646  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1174  drug efflux system protein MdtG  42.42 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.571838  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2547  drug efflux system protein MdtG  42.42 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0112458  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2077  drug efflux system protein MdtG  42.17 
 
 		 408 aa  298  8e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.894184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0813  major facilitator superfamily MFS_1  42.56 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3239  major facilitator superfamily MFS_1  42.39 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1175  drug efflux system protein MdtG  42.32 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.504278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  40.67 
 
 		 410 aa  289  8e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1250  drug efflux system protein MdtG  44.08 
 
 		 404 aa  288  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.955403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2035  drug efflux system protein MdtG  44.08 
 
 		 404 aa  288  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2219  drug efflux system protein MdtG  44.08 
 
 		 404 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1221  drug efflux system protein MdtG  43.83 
 
 		 404 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1265  drug efflux system protein MdtG  43.83 
 
 		 404 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  37.18 
 
 		 402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0169  major facilitator superfamily permease  37.5 
 
 		 411 aa  283  3.0000000000000004e-75  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0418  major facilitator superfamily MFS_1  41.1 
 
 		 403 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0436  major facilitator superfamily MFS_1  41.1 
 
 		 403 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.263395  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0424  major facilitator superfamily MFS_1  41.1 
 
 		 403 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.477286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0478  major facilitator superfamily transporter  41.1 
 
 		 403 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3167  major facilitator superfamily MFS_1  42.15 
 
 		 400 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0509  major facilitator superfamily permease  37.02 
 
 		 403 aa  252  8.000000000000001e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1079  major facilitator transporter  36.1 
 
 		 407 aa  249  8e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000078531  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1774  major facilitator superfamily permease  36.41 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179467 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1645  major facilitator superfamily permease  35.12 
 
 		 409 aa  240  4e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0127  major facilitator superfamily permease  37.1 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0361045  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0693  major facilitator superfamily permease  33.75 
 
 		 405 aa  229  5e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.883245  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2577  major facilitator superfamily MFS_1  38.89 
 
 		 395 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.363231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1203  major facilitator superfamily MFS_1  32.62 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0468  multidrug resistance efflux transporter  31.84 
 
 		 394 aa  211  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000018519  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1273  multidrug resistance efflux transporter, authentic frameshift  31.87 
 
 		 394 aa  208  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141298  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1485  multi-drug resistance protein  35.2 
 
 		 389 aa  203  5e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00168356  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2319  major facilitator superfamily MFS_1  34.25 
 
 		 407 aa  196  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0850  major facilitator superfamily MFS_1  31.81 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  32.44 
 
 		 412 aa  186  8e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0710  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 		 404 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1063  major facilitator transporter  31.47 
 
 		 407 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1231  major facilitator superfamily permease  26.56 
 
 		 401 aa  167  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0507  major facilitator transporter  35.78 
 
 		 450 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0233513  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0110  major facilitator transporter  28.93 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0106  major facilitator transporter  28.93 
 
 		 418 aa  139  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  27.03 
 
 		 428 aa  90.1  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  29.26 
 
 		 408 aa  89.4  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  32.82 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  32.34 
 
 		 414 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4635  major facilitator superfamily MFS_1  26.7 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.720897 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2873  major facilitator transporter  25.37 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.896526  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04141  predicted transporter  25.7 
 
 		 405 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3722  General substrate transporter  25.7 
 
 		 405 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04104  hypothetical protein  25.7 
 
 		 405 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3147  major facilitator transporter  26.54 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  23.56 
 
 		 391 aa  79.3  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09090  arabinose efflux permease family protein  29.24 
 
 		 434 aa  79.3  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0241408  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  30 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  24.48 
 
 		 407 aa  76.3  0.0000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  23.53 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  27.85 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  23.17 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  25.6 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  27.36 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1430  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3143  major facilitator transporter  25.17 
 
 		 433 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0954  major facilitator superfamily MFS_1  26.21 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5002  major facilitator transporter  25.34 
 
 		 433 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4078  major facilitator superfamily MFS_1  26.53 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0841  major facilitator family transporter  27.43 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00299381  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05310  arabinose efflux permease family protein  27.2 
 
 		 400 aa  71.6  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4171  major facilitator superfamily MFS_1  24.52 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5727  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>