More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3312 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
221 aa  433  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  97.73 
 
 
222 aa  421  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  90.74 
 
 
221 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  90.34 
 
 
222 aa  369  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  84.55 
 
 
221 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  80 
 
 
222 aa  335  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  80 
 
 
222 aa  335  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  80 
 
 
222 aa  335  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.92 
 
 
221 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  59.82 
 
 
222 aa  242  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  57.41 
 
 
221 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
221 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.72 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  56.48 
 
 
226 aa  231  9e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  56.62 
 
 
220 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.94 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.14 
 
 
223 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.68 
 
 
223 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.49 
 
 
225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.71 
 
 
227 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  57.6 
 
 
223 aa  209  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.94 
 
 
224 aa  209  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  51.82 
 
 
254 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.07 
 
 
248 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
227 aa  205  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.15 
 
 
248 aa  203  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0162  amino acid ABC transporter permease  57.8 
 
 
220 aa  203  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269477  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.61 
 
 
218 aa  199  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.23 
 
 
223 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.51 
 
 
227 aa  197  9e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.93 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.46 
 
 
222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.89 
 
 
226 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.51 
 
 
251 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  54.93 
 
 
220 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.83 
 
 
227 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  51.36 
 
 
228 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.36 
 
 
228 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.36 
 
 
228 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.75 
 
 
222 aa  191  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.76 
 
 
223 aa  191  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.15 
 
 
248 aa  190  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  46.58 
 
 
227 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.39 
 
 
234 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  51.79 
 
 
248 aa  184  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.09 
 
 
227 aa  184  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.12 
 
 
222 aa  182  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.85 
 
 
242 aa  181  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.31 
 
 
228 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.78 
 
 
244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.91 
 
 
223 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.04 
 
 
223 aa  178  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.78 
 
 
244 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
226 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.08 
 
 
234 aa  175  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
222 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
222 aa  168  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.09 
 
 
223 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.58 
 
 
222 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  42.86 
 
 
222 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  39.17 
 
 
222 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.99 
 
 
241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.07 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.01 
 
 
223 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3109  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.74 
 
 
245 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  39.8 
 
 
216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.58 
 
 
216 aa  138  6e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.58 
 
 
216 aa  138  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.42 
 
 
216 aa  136  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.61 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
226 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0639  amino acid ABC transporter, permease protein  40.98 
 
 
226 aa  129  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.304387  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1941  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.03 
 
 
220 aa  129  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00173617  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4923  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.69 
 
 
226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235984 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.56 
 
 
227 aa  128  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6379  amino acid ABC transporter permease  35.65 
 
 
222 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6612  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
222 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.19 
 
 
217 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.02 
 
 
503 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 
219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 
219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1452  amino acid ABC transporter, permease protein  36.53 
 
 
225 aa  126  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000068563  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01552  ABC transporter permease  34.4 
 
 
225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0359  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.69 
 
 
260 aa  125  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003970  histidine ABC transporter permease protein HisM  35.16 
 
 
225 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 
223 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  34.62 
 
 
225 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7225  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  40.29 
 
 
219 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1927  amino acid ABC transporter permease  40.31 
 
 
245 aa  124  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
492 aa  123  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0469  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.38 
 
 
220 aa  122  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000402789  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.42 
 
 
513 aa  122  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2368  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.78 
 
 
226 aa  122  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0683  amino acid ABC transporter, permease protein  41.46 
 
 
226 aa  121  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  38.35 
 
 
501 aa  121  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38 
 
 
271 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000547103  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.8 
 
 
221 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>