More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0392 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0392  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  627  1e-179  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4233  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 321 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5552  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1417  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.64 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.64 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.32 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.64 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.64 
 
 		 299 aa  102  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.25 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.25 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.25 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 297 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 295 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  99.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 350 aa  98.6  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.9 
 
 		 325 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 325 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.77 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.81 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 316 aa  92.4  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.07 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 308 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  26.97 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 321 aa  87  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 294 aa  86.3  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.54 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 306 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 292 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.46 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  25.84 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  26.71 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>