121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0990 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  100 
 
 		 159 aa  323  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0781  cytochrome c family protein  42.57 
 
 		 159 aa  92  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.211754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  40.5 
 
 		 159 aa  91.3  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2042  cytochrome c, class I  35.03 
 
 		 164 aa  90.5  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2995  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 177 aa  85.1  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00916007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1909  cytochrome c, class I  41.58 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8038  cytochrome c class I  37.89 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.896998  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4148  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 205 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.967829  normal  0.37393 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4516  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 197 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0581555  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4208  cytochrome c class I  32.47 
 
 		 195 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0400385  normal  0.12753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4630  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419886  normal  0.881109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0473  cytochrome c class I  33.78 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2312  cytochrome c, class I  32.48 
 
 		 177 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0109584  hitchhiker  0.000159385 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  32.69 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  37 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  35.23 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  31.11 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2992  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169382  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.94 
 
 		 286 aa  54.3  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6353  cytochrome c class I  37.08 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  37.8 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  33.71 
 
 		 163 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  33 
 
 		 153 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  31.11 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  32.94 
 
 		 381 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  29.79 
 
 		 350 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0759  cytochrome c, class I  37.8 
 
 		 100 aa  49.7  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.940622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1450  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 169 aa  48.5  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.58 
 
 		 313 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.16 
 
 		 325 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2714  cytochrome c, class I  32.93 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.30061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 388 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.26 
 
 		 313 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  33.68 
 
 		 546 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.64 
 
 		 300 aa  46.2  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.89 
 
 		 325 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.26 
 
 		 313 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.26 
 
 		 313 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3576  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.26 
 
 		 326 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1589  hypothetical protein  32.93 
 
 		 162 aa  45.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.91 
 
 		 325 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.78 
 
 		 374 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 		 293 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5825  hypothetical protein  32.58 
 
 		 200 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1820  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.67 
 
 		 327 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.700431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.18 
 
 		 311 aa  44.7  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.38 
 
 		 305 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.78 
 
 		 382 aa  44.7  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  29.59 
 
 		 317 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  30.34 
 
 		 155 aa  44.3  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 		 306 aa  44.3  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.65 
 
 		 575 aa  43.9  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.73 
 
 		 323 aa  43.9  0.0009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  32 
 
 		 154 aa  43.9  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  24.53 
 
 		 325 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1948  cytochrome cM  32.5 
 
 		 137 aa  43.9  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  42.65 
 
 		 647 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  52.78 
 
 		 263 aa  43.5  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.21 
 
 		 308 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  36.9 
 
 		 524 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3640  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 417 aa  43.5  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.102782  normal  0.70332 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  28.87 
 
 		 254 aa  43.9  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  31.87 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  28.26 
 
 		 138 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  32.1 
 
 		 285 aa  42.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  59.46 
 
 		 276 aa  43.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3779  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.67 
 
 		 306 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5245  cytochrome c class I  32.18 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.330524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  33.8 
 
 		 308 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  25.4 
 
 		 296 aa  42.7  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 322 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  27.5 
 
 		 313 aa  42.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  46.15 
 
 		 220 aa  42  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0717  cytochrome cM  33.33 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  33.68 
 
 		 377 aa  41.6  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  32.14 
 
 		 269 aa  41.6  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  56.76 
 
 		 269 aa  42  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.69 
 
 		 339 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.07 
 
 		 308 aa  42  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  28.57 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.17 
 
 		 292 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  28.57 
 
 		 375 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  32.53 
 
 		 513 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.69 
 
 		 339 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  28.92 
 
 		 375 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  28.57 
 
 		 542 aa  41.6  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  33.68 
 
 		 377 aa  41.6  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.05 
 
 		 298 aa  41.2  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.83 
 
 		 317 aa  41.6  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0843  TPR repeat-containing protein  32.86 
 
 		 330 aa  41.6  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0669  hypothetical protein  31.82 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0140591  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 322 aa  41.2  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  34.25 
 
 		 283 aa  41.2  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.92 
 
 		 322 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.92 
 
 		 322 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.92 
 
 		 322 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.92 
 
 		 325 aa  40.8  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  33.33 
 
 		 322 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>