109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3866 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3866  cytochrome c class I  100 
 
 		 388 aa  756    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5620  cytochrome c, mono-and diheme variant-like protein  54.64 
 
 		 398 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  51.38 
 
 		 395 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4456  cytochrome c class I  51.88 
 
 		 388 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103229  normal  0.67524 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4590  cytochrome c class I  51.88 
 
 		 388 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4115  hypothetical protein  48.12 
 
 		 394 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.675645  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4251  hypothetical protein  48.12 
 
 		 394 aa  315  7e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0931386  normal  0.175621 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3266  cytochrome c class I  47.87 
 
 		 394 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3675  cytochrome c, class I  47.24 
 
 		 393 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.924475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1760  hypothetical protein  47.26 
 
 		 394 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4148  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 393 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.782083  normal  0.108785 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4339  cytochrome c, class I  47 
 
 		 393 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2513  hypothetical protein  30.93 
 
 		 621 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  30.14 
 
 		 702 aa  88.6  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  30.14 
 
 		 702 aa  88.6  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2773  hypothetical protein  31.37 
 
 		 151 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000119865  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 254 aa  62  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3264  c-type cytochrome  37.14 
 
 		 143 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1814  hypothetical protein  30.39 
 
 		 151 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3996  cytochrome c, class I  36.19 
 
 		 143 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  31.31 
 
 		 156 aa  53.5  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  32.79 
 
 		 644 aa  53.1  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  33.61 
 
 		 649 aa  52.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 546 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0081  hypothetical protein  33.8 
 
 		 149 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.824718 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3798  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  34.74 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3556  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.74 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1272  cytochrome c, class I  27.48 
 
 		 143 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.139813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3248  cytochrome c, class I  27.48 
 
 		 143 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0517083  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0824  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 296 aa  50.8  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000780419  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4232  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  33.68 
 
 		 403 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2415  hypothetical protein  32.11 
 
 		 499 aa  50.4  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00358029  normal  0.14874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1632  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  33.68 
 
 		 403 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3596  hypothetical protein  35.24 
 
 		 144 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.705754 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2694  putative cytochrome c family protein  43.9 
 
 		 133 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.97531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  31 
 
 		 209 aa  48.9  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5668  cytochrome c class I  30.61 
 
 		 203 aa  49.3  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1738  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  38.64 
 
 		 254 aa  48.9  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3705  hypothetical protein  28.72 
 
 		 155 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.22 
 
 		 575 aa  48.1  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  28.7 
 
 		 190 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4201  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 		 418 aa  48.5  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2959  cytochrome c class I  52.78 
 
 		 571 aa  47.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0101  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  29.73 
 
 		 329 aa  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000967148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1041  hypothetical protein  34.26 
 
 		 176 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24091  normal  0.0488069 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  40.91 
 
 		 159 aa  47.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0847  hypothetical protein  32 
 
 		 190 aa  47  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  28.83 
 
 		 339 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  29.79 
 
 		 653 aa  47  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3236  hypothetical protein  32.67 
 
 		 182 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6394  hypothetical protein  34.82 
 
 		 687 aa  46.6  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  35.16 
 
 		 664 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  27.56 
 
 		 647 aa  46.6  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  31.9 
 
 		 645 aa  46.6  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0851  hypothetical protein  31.31 
 
 		 190 aa  46.2  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0799  hypothetical protein  31.31 
 
 		 190 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2714  cytochrome c, class I  30.43 
 
 		 101 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.30061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3851  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 420 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585006  normal  0.540211 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  34.83 
 
 		 640 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2096  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit III  30.69 
 
 		 287 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  34.74 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1417  cytochrome c, class I  30.56 
 
 		 421 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00268752  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0435  hypothetical protein  29.6 
 
 		 314 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4164  hypothetical protein  36.49 
 
 		 147 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.277093  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2542  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.85 
 
 		 294 aa  45.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2593  hypothetical protein  29.59 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.572119  normal  0.592044 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.58 
 
 		 292 aa  45.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1415  cytochrome c class I  30.21 
 
 		 123 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.958192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4312  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.17 
 
 		 420 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  31.46 
 
 		 220 aa  45.1  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  34.48 
 
 		 642 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1391  cytochrome c, class I  26.96 
 
 		 151 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.22 
 
 		 434 aa  44.7  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5887  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.98 
 
 		 419 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal  0.403041 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3931  hypothetical protein  30.85 
 
 		 212 aa  44.3  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29 
 
 		 286 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3473  cytochrome c family protein  31.82 
 
 		 207 aa  44.7  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0349058  normal  0.204914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 293 aa  44.3  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0097  hypothetical protein  37.29 
 
 		 166 aa  44.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000663376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.7 
 
 		 286 aa  44.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3948  cytochrome c, class I  31.45 
 
 		 419 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130568  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4418  cytochrome c, class I  31.45 
 
 		 419 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2862  cytochrome c, class I  32 
 
 		 268 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0699705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  27.43 
 
 		 306 aa  43.9  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0557  cytochrome c, class I  31.48 
 
 		 683 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4349  hypothetical protein  28.85 
 
 		 184 aa  43.9  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00411477  normal  0.348874 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  29.2 
 
 		 424 aa  43.9  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  33.71 
 
 		 642 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  33.71 
 
 		 642 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0393  hypothetical protein  29.41 
 
 		 136 aa  43.5  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  36.14 
 
 		 683 aa  43.5  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 		 342 aa  43.5  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61130  putative c-type cytochrome  32.63 
 
 		 415 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00213286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  31.97 
 
 		 493 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2780  cytochrome c class I  28.85 
 
 		 164 aa  43.5  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.68 
 
 		 294 aa  43.5  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.2 
 
 		 424 aa  43.5  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5264  putative c-type cytochrome  32.63 
 
 		 415 aa  43.5  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  32.18 
 
 		 643 aa  43.5  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>