41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2995 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2995  cytochrome c, class I  100 
 
 		 177 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00916007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4148  cytochrome c class I  57.14 
 
 		 205 aa  192  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.967829  normal  0.37393 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4516  cytochrome c class I  57.14 
 
 		 197 aa  191  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0581555  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4630  cytochrome c class I  60.14 
 
 		 204 aa  186  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419886  normal  0.881109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1909  cytochrome c, class I  53.18 
 
 		 206 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0473  cytochrome c class I  51.81 
 
 		 202 aa  181  6e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4208  cytochrome c class I  58.04 
 
 		 195 aa  177  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0400385  normal  0.12753 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8038  cytochrome c class I  49.4 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.896998  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  55.94 
 
 		 159 aa  165  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0781  cytochrome c family protein  49.33 
 
 		 159 aa  153  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.211754  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2042  cytochrome c, class I  45.91 
 
 		 164 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 159 aa  85.1  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2312  cytochrome c, class I  34.78 
 
 		 177 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0109584  hitchhiker  0.000159385 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  28.09 
 
 		 286 aa  52.4  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  29.46 
 
 		 313 aa  47  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  36 
 
 		 317 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 266 aa  45.4  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  33.33 
 
 		 286 aa  45.1  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  39.39 
 
 		 324 aa  45.1  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  37.88 
 
 		 324 aa  44.3  0.0009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  32.47 
 
 		 530 aa  43.9  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.21 
 
 		 311 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3823  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.71 
 
 		 325 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.87 
 
 		 304 aa  43.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 		 293 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  26.25 
 
 		 381 aa  42.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.43 
 
 		 305 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.1 
 
 		 325 aa  42  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  28.16 
 
 		 152 aa  42.4  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.68 
 
 		 321 aa  42.4  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  32.91 
 
 		 318 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.91 
 
 		 318 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30 
 
 		 374 aa  41.6  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3779  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.87 
 
 		 306 aa  42  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30 
 
 		 382 aa  41.6  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.91 
 
 		 313 aa  41.6  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.44 
 
 		 325 aa  41.2  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 324 aa  41.2  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.77 
 
 		 305 aa  41.2  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.77 
 
 		 311 aa  41.2  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 293 aa  40.8  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>