46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1909 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1909  cytochrome c, class I  100 
 
 		 206 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4208  cytochrome c class I  60.96 
 
 		 195 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0400385  normal  0.12753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0473  cytochrome c class I  53.07 
 
 		 202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8038  cytochrome c class I  51.63 
 
 		 202 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.896998  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4148  cytochrome c class I  51.67 
 
 		 205 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.967829  normal  0.37393 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4516  cytochrome c class I  51.67 
 
 		 197 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0581555  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2995  cytochrome c, class I  53.18 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00916007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4630  cytochrome c class I  57.53 
 
 		 204 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419886  normal  0.881109 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0781  cytochrome c family protein  50.96 
 
 		 159 aa  160  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.211754  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2042  cytochrome c, class I  50.31 
 
 		 164 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  49.62 
 
 		 159 aa  133  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  41.58 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2312  cytochrome c, class I  32.95 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0109584  hitchhiker  0.000159385 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0716  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.64 
 
 		 299 aa  50.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000848569  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.31 
 
 		 293 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  29.77 
 
 		 313 aa  48.5  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  29.27 
 
 		 381 aa  47.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  31.82 
 
 		 286 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  34.18 
 
 		 266 aa  47.4  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  31.16 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  30.38 
 
 		 269 aa  47.4  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  36.92 
 
 		 286 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.74 
 
 		 308 aa  46.2  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.84 
 
 		 312 aa  45.4  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  31.58 
 
 		 143 aa  45.4  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.76 
 
 		 322 aa  45.1  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  28.43 
 
 		 220 aa  44.7  0.0009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.62 
 
 		 324 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.9 
 
 		 322 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1333  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.7 
 
 		 339 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  25.93 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1172  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.7 
 
 		 339 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.9 
 
 		 322 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.65 
 
 		 311 aa  43.5  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1231  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.7 
 
 		 339 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.9 
 
 		 322 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0726  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  26.76 
 
 		 287 aa  43.5  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.9 
 
 		 322 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  31.9 
 
 		 322 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3662  cytochrome c class I  31.43 
 
 		 124 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  36.56 
 
 		 154 aa  42  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  25.38 
 
 		 304 aa  42  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.92 
 
 		 296 aa  42  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  33.78 
 
 		 326 aa  41.6  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 346 aa  41.6  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09091  cytochrome cM  27.59 
 
 		 125 aa  41.2  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.670452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>