156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5245 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5245  cytochrome c class I  100 
 
 
197 aa  407  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.330524  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5825  hypothetical protein  69.59 
 
 
200 aa  261  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  41.22 
 
 
187 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6353  cytochrome c class I  41.72 
 
 
185 aa  131  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2992  cytochrome c class I  43.24 
 
 
187 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169382  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  37.27 
 
 
189 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0097  cytochrome c class I  40.37 
 
 
187 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.340864  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1450  cytochrome c, class I  45.92 
 
 
169 aa  94.4  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3385  cytochrome c class I  35.29 
 
 
147 aa  67  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  35.23 
 
 
381 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  28.46 
 
 
269 aa  62.8  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  37.66 
 
 
163 aa  59.3  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.95 
 
 
311 aa  58.2  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  31.4 
 
 
152 aa  57.8  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  35.06 
 
 
163 aa  56.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.99 
 
 
293 aa  55.1  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0525  cytochrome c class I  26.12 
 
 
214 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.23 
 
 
310 aa  53.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
293 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.43 
 
 
305 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  32.47 
 
 
153 aa  52  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.94 
 
 
374 aa  51.6  0.000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  36.92 
 
 
110 aa  51.6  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  33.82 
 
 
530 aa  51.6  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3779  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.75 
 
 
306 aa  51.6  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.12 
 
 
306 aa  51.2  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0716  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.38 
 
 
299 aa  50.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000848569  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  33.33 
 
 
462 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.71 
 
 
293 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  31.31 
 
 
372 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0188659 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0462  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.71 
 
 
294 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.528353  normal  0.120204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.43 
 
 
322 aa  51.2  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0341  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  34.41 
 
 
306 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0261936 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.76 
 
 
382 aa  50.1  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.65 
 
 
325 aa  50.1  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1087  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.64 
 
 
304 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497321  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  33.85 
 
 
154 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  28.92 
 
 
290 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  29.13 
 
 
346 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.71 
 
 
296 aa  49.3  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.64 
 
 
304 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.88 
 
 
296 aa  49.3  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.92 
 
 
293 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.83 
 
 
304 aa  49.3  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  30.23 
 
 
153 aa  49.3  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.49 
 
 
293 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.88 
 
 
307 aa  48.9  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  34.67 
 
 
324 aa  48.5  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  37.1 
 
 
143 aa  48.5  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  29.17 
 
 
266 aa  48.5  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  32.91 
 
 
718 aa  48.5  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.83 
 
 
305 aa  48.5  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.92 
 
 
293 aa  48.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  26.15 
 
 
307 aa  48.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  33.72 
 
 
326 aa  47.8  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.59 
 
 
325 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.91 
 
 
298 aa  47.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 
307 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.66 
 
 
308 aa  47.8  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.05 
 
 
304 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.66 
 
 
312 aa  47.8  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  33.7 
 
 
359 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2114  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 
293 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
296 aa  47.8  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5233  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 
293 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558245  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  38.46 
 
 
146 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  35.94 
 
 
485 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  35.62 
 
 
285 aa  47  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  33.33 
 
 
324 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.29 
 
 
321 aa  47  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.06 
 
 
311 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.81 
 
 
304 aa  46.6  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  34.15 
 
 
326 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.81 
 
 
318 aa  47  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.44 
 
 
317 aa  46.2  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.09 
 
 
308 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1596  hypothetical protein  29.27 
 
 
136 aa  46.2  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.09 
 
 
308 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  32.05 
 
 
324 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  29.35 
 
 
330 aa  45.8  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.3 
 
 
723 aa  45.8  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  23.83 
 
 
470 aa  45.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.96 
 
 
349 aa  45.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1827  cytochrome c, class I  31.03 
 
 
159 aa  45.4  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02058  Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.86 
 
 
113 aa  45.1  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00379379  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0161  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.86 
 
 
307 aa  45.1  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.822245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3572  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.36 
 
 
313 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  36.36 
 
 
325 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  23.23 
 
 
432 aa  44.7  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  27.27 
 
 
286 aa  44.7  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4302  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.45 
 
 
305 aa  44.7  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0300725  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  34.48 
 
 
317 aa  43.9  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3819  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.48 
 
 
313 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.718495 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1963  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.97 
 
 
299 aa  44.3  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.56 
 
 
324 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  36.78 
 
 
362 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  29.03 
 
 
286 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  38.64 
 
 
362 aa  43.9  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  29.89 
 
 
154 aa  43.9  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0640  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  34.67 
 
 
317 aa  43.5  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00144389  normal  0.731744 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>