171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6353 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009622  Smed_6353  cytochrome c class I  100 
 
 
185 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  59.68 
 
 
187 aa  225  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2992  cytochrome c class I  62.35 
 
 
187 aa  222  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169382  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0097  cytochrome c class I  57.07 
 
 
187 aa  202  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.340864  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  48.59 
 
 
189 aa  160  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5245  cytochrome c class I  40.36 
 
 
197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.330524  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5825  hypothetical protein  42.35 
 
 
200 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1450  cytochrome c, class I  46.27 
 
 
169 aa  108  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3385  cytochrome c class I  50.94 
 
 
147 aa  89  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  40.91 
 
 
313 aa  71.6  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0341  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  45.88 
 
 
306 aa  68.9  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0261936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  31.88 
 
 
374 aa  66.2  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  39.24 
 
 
269 aa  65.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.86 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.88 
 
 
382 aa  65.1  0.0000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0683  cytochrome c class I  39.24 
 
 
381 aa  64.7  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  33.62 
 
 
346 aa  63.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0957  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 
723 aa  63.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12457  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0161  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.46 
 
 
307 aa  62.4  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.822245 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  43.59 
 
 
306 aa  62  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2077  cytochrome c class I  36 
 
 
153 aa  60.8  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  42.11 
 
 
326 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.57 
 
 
317 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02058  Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.03 
 
 
113 aa  59.7  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00379379  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  42.67 
 
 
307 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  37.8 
 
 
326 aa  60.1  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 
322 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0014  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.08 
 
 
293 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2997  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  37.65 
 
 
307 aa  58.9  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.25 
 
 
293 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.33 
 
 
307 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  36.96 
 
 
324 aa  58.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0716  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  33.72 
 
 
299 aa  58.2  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000848569  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.08 
 
 
293 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  45.33 
 
 
304 aa  58.2  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0936  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.49 
 
 
321 aa  58.2  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.23 
 
 
293 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  34.44 
 
 
152 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  37.33 
 
 
324 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.62 
 
 
318 aa  56.6  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2355  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.67 
 
 
304 aa  56.6  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.347171  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2486  cytochrome c class I  28.67 
 
 
266 aa  56.6  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.62 
 
 
323 aa  56.6  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.72 
 
 
296 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  43.08 
 
 
530 aa  56.2  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2096  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit III  36.67 
 
 
287 aa  55.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.04303  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0466  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.83 
 
 
287 aa  55.8  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00151581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05464  cytochrome c  36 
 
 
718 aa  55.5  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0990  cytochrome c, class I  31.47 
 
 
159 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.57 
 
 
322 aa  55.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0376  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  35.48 
 
 
287 aa  55.5  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.44 
 
 
304 aa  55.1  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.36 
 
 
293 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.33 
 
 
323 aa  54.7  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.36 
 
 
289 aa  54.7  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.36 
 
 
289 aa  54.7  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.58 
 
 
322 aa  54.7  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2542  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.38 
 
 
294 aa  54.7  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.71 
 
 
349 aa  54.7  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.41 
 
 
287 aa  54.3  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  38.27 
 
 
372 aa  54.3  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0188659 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1963  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.05 
 
 
299 aa  53.9  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3854  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.25 
 
 
292 aa  53.9  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0664  cytochrome c oxidase  32.98 
 
 
287 aa  53.9  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  36.36 
 
 
325 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  39.47 
 
 
143 aa  53.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.14 
 
 
324 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1877  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.71 
 
 
325 aa  53.1  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.020094  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  35.44 
 
 
153 aa  53.1  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3330  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  40.54 
 
 
291 aa  52.8  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  35.06 
 
 
163 aa  52.4  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.33 
 
 
308 aa  52.8  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  42.67 
 
 
304 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.76 
 
 
296 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.05 
 
 
296 aa  52  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.79 
 
 
312 aa  52.4  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  36.25 
 
 
146 aa  52  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  35.38 
 
 
163 aa  51.6  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.14 
 
 
325 aa  51.6  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  34.48 
 
 
290 aa  51.2  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  32.98 
 
 
330 aa  51.6  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3560  cytochrome c class I  35.44 
 
 
271 aa  51.2  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2114  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.07 
 
 
293 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.71 
 
 
325 aa  51.2  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5233  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.07 
 
 
293 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558245  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.11 
 
 
293 aa  51.2  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0640  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.06 
 
 
317 aa  51.2  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00144389  normal  0.731744 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  32.35 
 
 
324 aa  50.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.39 
 
 
318 aa  50.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.09 
 
 
305 aa  50.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0537  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.4 
 
 
292 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.931468  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>