More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1131 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 342 aa  689    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  44.28 
 
 		 380 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0940  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 359 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 347 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 352 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000561  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.01 
 
 		 333 aa  99.4  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.105834  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0269  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 331 aa  96.7  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05327  hypothetical protein  25.65 
 
 		 333 aa  90.1  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 365 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 348 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 365 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  30.74 
 
 		 381 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 350 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 369 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 344 aa  85.9  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  28.12 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 355 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 353 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4693  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.621446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3994  AraC family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.9 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3015  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.947427  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  25.37 
 
 		 350 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1968  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 348 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  42.71 
 
 		 365 aa  76.6  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 333 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 345 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  33.53 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  34.88 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  34.88 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  31.51 
 
 		 347 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  42.35 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 341 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  44.21 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 341 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  39.56 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  41.18 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0112  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 170 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.557465  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  39.77 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>