85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3414 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 286 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  58.91 
 
 		 278 aa  335  5.999999999999999e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.09 
 
 		 278 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  47.81 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  44.32 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.18 
 
 		 276 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.56 
 
 		 394 aa  218  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.18 
 
 		 276 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  45.09 
 
 		 285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  43.96 
 
 		 266 aa  205  6e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.07 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  41.37 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  41.01 
 
 		 280 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  41.01 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  41.01 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  41.01 
 
 		 280 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  41.01 
 
 		 280 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  46.47 
 
 		 285 aa  199  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.35 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.84 
 
 		 279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.84 
 
 		 290 aa  195  8.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  40.56 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.47 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  42.34 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.58 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.89 
 
 		 274 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  38.83 
 
 		 288 aa  185  7e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.33 
 
 		 265 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.74 
 
 		 269 aa  179  4e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  38.59 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  40.88 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.69 
 
 		 273 aa  161  9e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  37.84 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.67 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 316 aa  94  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.66 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  31.1 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.69 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  30.54 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  30.05 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  30.05 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  27.54 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.41 
 
 		 305 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.01 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  33.6 
 
 		 270 aa  54.7  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  27.54 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  29.25 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.41 
 
 		 288 aa  48.9  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.92 
 
 		 282 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.17 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  30.71 
 
 		 301 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  23.18 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.81 
 
 		 290 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  29.34 
 
 		 379 aa  47.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 		 276 aa  47  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.93 
 
 		 256 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 280 aa  45.8  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 		 258 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.86 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  29.96 
 
 		 285 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7181  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.123498  normal  0.0907339 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  29.76 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  24.19 
 
 		 274 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  28.97 
 
 		 397 aa  44.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 297 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.27 
 
 		 624 aa  43.5  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  28.57 
 
 		 407 aa  43.5  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  29.76 
 
 		 407 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  24.76 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.72 
 
 		 628 aa  43.5  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 256 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  29.86 
 
 		 397 aa  43.5  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 290 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.52 
 
 		 280 aa  43.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.65 
 
 		 303 aa  42.4  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.86 
 
 		 282 aa  42  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>