More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3004 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  94.32 
 
 		 352 aa  651    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  99.15 
 
 		 352 aa  699    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  100 
 
 		 352 aa  702    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  80.29 
 
 		 351 aa  545  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  72.38 
 
 		 353 aa  500  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  71.51 
 
 		 353 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  73.02 
 
 		 357 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  77.13 
 
 		 350 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  76.01 
 
 		 350 aa  488  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  73.53 
 
 		 349 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  72.46 
 
 		 350 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  70.18 
 
 		 345 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  69.59 
 
 		 375 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  69.79 
 
 		 380 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  65 
 
 		 351 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  65.32 
 
 		 348 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  66.47 
 
 		 363 aa  415  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  63.29 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  61.18 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  62.46 
 
 		 351 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  60.88 
 
 		 347 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  63.05 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  61.47 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  61.56 
 
 		 361 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  60.47 
 
 		 351 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  54.86 
 
 		 358 aa  326  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  48.81 
 
 		 329 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.9 
 
 		 340 aa  253  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.71 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.09 
 
 		 339 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  46.41 
 
 		 304 aa  239  6.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  46.63 
 
 		 340 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.02 
 
 		 390 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.6 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.07 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.68 
 
 		 302 aa  227  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  40.36 
 
 		 349 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  42.27 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.74 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  39.39 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.58 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.57 
 
 		 327 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  44.38 
 
 		 314 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  38.76 
 
 		 325 aa  199  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 322 aa  196  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  38.68 
 
 		 325 aa  196  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  36.42 
 
 		 323 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  35.96 
 
 		 498 aa  193  4e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  35.29 
 
 		 498 aa  193  5e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  38.86 
 
 		 356 aa  192  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0110  lysyl-tRNA synthetase  37.54 
 
 		 502 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  38.44 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  38.44 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  35.99 
 
 		 484 aa  189  5e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  38.44 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  35.69 
 
 		 489 aa  189  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  37.32 
 
 		 325 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  39.33 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  37.2 
 
 		 323 aa  189  8e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.76 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  35.92 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  37.89 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.61 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 		 498 aa  186  5e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  37.58 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1681  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 491 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.33 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  35.03 
 
 		 491 aa  182  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 		 494 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  34.42 
 
 		 504 aa  181  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.45 
 
 		 416 aa  180  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  32.94 
 
 		 494 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.3 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  35.82 
 
 		 491 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  31.96 
 
 		 497 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0163  lysyl-tRNA synthetase  32.65 
 
 		 488 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000142799  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3556  lysyl-tRNA synthetase  33.92 
 
 		 503 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000444514  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  36.54 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  34.5 
 
 		 503 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.63 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  34.41 
 
 		 494 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 573 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  34.12 
 
 		 494 aa  176  7e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2354  lysyl-tRNA synthetase  33.24 
 
 		 496 aa  175  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0808673  decreased coverage  0.00196891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>