More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0391 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
435 aa  872    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  55.35 
 
 
444 aa  495  1e-139  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  53.7 
 
 
430 aa  462  1e-129  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1323  radical SAM domain-containing protein  45.54 
 
 
441 aa  428  1e-119  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0228  radical SAM domain-containing protein  46.22 
 
 
441 aa  430  1e-119  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0595  radical SAM domain-containing protein  46 
 
 
437 aa  428  1e-118  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.063528  normal  0.361831 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  44.14 
 
 
455 aa  423  1e-117  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0661  radical SAM domain-containing protein  44.75 
 
 
438 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.692136  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  33.03 
 
 
377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.89 
 
 
488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  34.8 
 
 
487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0931  radical SAM domain-containing protein  32.76 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.297129  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1034  radical SAM domain-containing protein  27.83 
 
 
393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.851598  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0742  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
397 aa  110  6e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1469  radical SAM family Fe-S protein  29.8 
 
 
368 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1049  radical SAM domain-containing protein  28.75 
 
 
398 aa  108  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  27.94 
 
 
475 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1323  Radical SAM domain protein  32.37 
 
 
360 aa  108  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0766  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
397 aa  107  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0452  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.18 
 
 
463 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.68 
 
 
563 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.79 
 
 
609 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  29.18 
 
 
405 aa  105  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4804  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  29.73 
 
 
442 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.557764  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.74 
 
 
518 aa  104  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0311  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 
393 aa  104  4e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  30.89 
 
 
564 aa  104  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.27 
 
 
554 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1062  radical SAM domain-containing protein  27.42 
 
 
372 aa  102  9e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  32.29 
 
 
371 aa  102  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.25 
 
 
475 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 
489 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4345  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.39 
 
 
442 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.9 
 
 
489 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0394  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  29.1 
 
 
508 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.73924 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2409  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
495 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.523158  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3373  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.98 
 
 
447 aa  102  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  32.07 
 
 
366 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.36 
 
 
473 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3005  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.27 
 
 
509 aa  101  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.187543  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 
444 aa  101  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1169  radical SAM family protein  30.84 
 
 
372 aa  101  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198127  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.14 
 
 
473 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0408  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.84 
 
 
456 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0921493 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1829  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.76 
 
 
482 aa  101  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 
470 aa  101  3e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2915  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.27 
 
 
474 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000321738  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0021  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.58 
 
 
473 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0287805  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1324  radical SAM domain-containing protein  31.39 
 
 
369 aa  100  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.527969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0748  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.08 
 
 
451 aa  100  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000201593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0596  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.08 
 
 
451 aa  100  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1890  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 
398 aa  100  7e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.7 
 
 
612 aa  99.8  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2692  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.55 
 
 
474 aa  99.8  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1187  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.37 
 
 
474 aa  99.8  8e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0370787  normal  0.0145115 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 
458 aa  99.8  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0423  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.37 
 
 
456 aa  99.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.502734  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0046  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.04 
 
 
466 aa  99.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal  0.954512 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2706  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  27.99 
 
 
461 aa  99.4  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.878988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4950  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.52 
 
 
442 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.667596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0590  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.81 
 
 
468 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.632056  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0535  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  32.54 
 
 
473 aa  99.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3701  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.95 
 
 
445 aa  99.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.592545 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 
459 aa  98.2  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1108  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  29.61 
 
 
476 aa  99  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 
608 aa  98.6  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.19 
 
 
520 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3527  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.88 
 
 
445 aa  98.2  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.70127  normal  0.0537837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0242  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.71 
 
 
473 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0963  RNA modification enzyme, MiaB family  31.15 
 
 
432 aa  97.4  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0014  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.55 
 
 
477 aa  97.8  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.0355743 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
451 aa  97.8  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1128  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.19 
 
 
446 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2948  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  28.29 
 
 
476 aa  97.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0869387  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0237  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.77 
 
 
447 aa  96.7  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2206  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.73 
 
 
477 aa  97.1  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0163044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0531  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.11 
 
 
457 aa  96.7  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.280918  normal  0.0609145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3625  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.43 
 
 
448 aa  96.7  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0208192  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0875  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.03 
 
 
449 aa  96.7  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633872  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3779  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  27.71 
 
 
459 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.187092 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12350  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.19 
 
 
446 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2909  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  27.57 
 
 
451 aa  96.7  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  30.38 
 
 
467 aa  96.7  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0586  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.04 
 
 
474 aa  96.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0067501  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2334  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  29.58 
 
 
459 aa  96.7  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1357  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.73 
 
 
472 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245853  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0776  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.5 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.410569  normal  0.687788 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3572  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.29 
 
 
480 aa  96.3  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0788  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.5 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0729  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.5 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0684  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.04 
 
 
474 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00591488  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  29.55 
 
 
444 aa  96.3  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000242644  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0468  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.28 
 
 
473 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1120  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  26.73 
 
 
447 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0040  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.82 
 
 
472 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000523218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0715  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.5 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0188507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1220  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  28.84 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.0448145 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0824  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  28.5 
 
 
474 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0820  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.81 
 
 
437 aa  95.9  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.696196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>