118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03935 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  100 
 
 		 229 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  35.94 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 285 aa  143  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 285 aa  141  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 285 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 286 aa  135  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  35.14 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  36.49 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  36.04 
 
 		 285 aa  132  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.07 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  35.07 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.24 
 
 		 278 aa  116  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  34.6 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  34.6 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  31.13 
 
 		 231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.28 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  30.32 
 
 		 257 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  33.48 
 
 		 246 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  29.73 
 
 		 257 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  29.9 
 
 		 322 aa  96.3  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  28.64 
 
 		 280 aa  91.7  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  30.59 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.7 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.82 
 
 		 2213 aa  85.9  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  25.45 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  25.5 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.98 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 264 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 292 aa  52.4  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 244 aa  52.4  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 244 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 244 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  29.58 
 
 		 260 aa  51.6  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 299 aa  51.6  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 584 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0754  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00633321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 260 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  25.96 
 
 		 250 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1458  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 269 aa  49.7  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000125438  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 244 aa  49.3  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.83 
 
 		 243 aa  49.7  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0574  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.25 
 
 		 510 aa  49.7  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.87 
 
 		 278 aa  48.9  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 257 aa  48.9  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 295 aa  48.5  0.00008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.98 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 261 aa  48.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  30.92 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1164  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 252 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.065416  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 609 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2444  extracellular solute-binding protein family 3  24.88 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.474573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  27.95 
 
 		 238 aa  46.2  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  26.27 
 
 		 608 aa  46.2  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  22.31 
 
 		 276 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  24.42 
 
 		 251 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1118  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.64 
 
 		 277 aa  45.8  0.0006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0733835  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  28.12 
 
 		 241 aa  45.8  0.0006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  22.22 
 
 		 273 aa  45.4  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  25.79 
 
 		 267 aa  45.8  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  24.38 
 
 		 271 aa  45.8  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 		 257 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.77 
 
 		 513 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.64 
 
 		 1055 aa  43.9  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0067  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 252 aa  43.9  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.571905  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.04 
 
 		 485 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.04 
 
 		 485 aa  43.9  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06880  amino acid-binding protein  30.53 
 
 		 286 aa  43.5  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0612376  normal  0.365115 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  22.61 
 
 		 278 aa  43.5  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  25.68 
 
 		 246 aa  43.5  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.36 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1072  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 295 aa  42.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  27.06 
 
 		 300 aa  42.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 257 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.87 
 
 		 276 aa  42.7  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 247 aa  42.7  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  24.22 
 
 		 256 aa  42.7  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 281 aa  42.4  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 256 aa  42.7  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 246 aa  42.7  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 		 260 aa  42.7  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  21.7 
 
 		 269 aa  42.7  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>