82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3307 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 286 aa  590  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  61.29 
 
 		 285 aa  322  7e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  63.52 
 
 		 285 aa  314  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  54.87 
 
 		 285 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  54.87 
 
 		 285 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  56.87 
 
 		 286 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  56.87 
 
 		 286 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  60.08 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  60.08 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  53.94 
 
 		 270 aa  270  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.29 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 226 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.12 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  33.61 
 
 		 275 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.06 
 
 		 2213 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.42 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.84 
 
 		 241 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  31.39 
 
 		 241 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.39 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.39 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  33.06 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  30.74 
 
 		 231 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  30.09 
 
 		 322 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  31.09 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  30.2 
 
 		 257 aa  105  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  31.63 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  33.68 
 
 		 280 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  28.07 
 
 		 247 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 230 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.27 
 
 		 260 aa  86.3  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.14 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  24 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  27.48 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  23.58 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  27.1 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  26.56 
 
 		 241 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24.31 
 
 		 262 aa  53.1  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  24.28 
 
 		 264 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 275 aa  49.3  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.41 
 
 		 1047 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  24.17 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  24.17 
 
 		 264 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.47 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1920  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  26.07 
 
 		 252 aa  47.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.541755  hitchhiker  0.00384825 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  21.83 
 
 		 248 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 258 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.01 
 
 		 243 aa  46.6  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 1047 aa  46.2  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25.38 
 
 		 252 aa  45.8  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  24.03 
 
 		 252 aa  45.8  0.0009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  21.33 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  21.68 
 
 		 830 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  21.33 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.11 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0781  amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein yckK  22.87 
 
 		 252 aa  45.8  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  21.33 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  28.38 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  20.91 
 
 		 248 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  22.08 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.43 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  20.26 
 
 		 252 aa  43.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  26.24 
 
 		 468 aa  43.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.07 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.48 
 
 		 245 aa  43.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.11 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  23.69 
 
 		 263 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  23.83 
 
 		 245 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  21.14 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  22.46 
 
 		 502 aa  42.4  0.01  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 255 aa  42  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1134  extracellular solute-binding protein family 3  23.39 
 
 		 274 aa  42.4  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0309695 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>