35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0850 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  100 
 
 		 275 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  50 
 
 		 280 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  35.78 
 
 		 257 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 		 270 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  32.19 
 
 		 285 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 		 285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  29.68 
 
 		 322 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  30.59 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 278 aa  85.9  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  27.64 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.64 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.64 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.64 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  29.63 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  26.05 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.03 
 
 		 2213 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.41 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  28.43 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  26.06 
 
 		 247 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  24.78 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  23.56 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3268  hypothetical protein  29.37 
 
 		 177 aa  48.5  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741687  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  26.9 
 
 		 233 aa  44.3  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.62 
 
 		 270 aa  43.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 268 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>