More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1072 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1072  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 295 aa  604  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6147  extracellular solute-binding protein  60.73 
 
 		 298 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  52.86 
 
 		 299 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  53.93 
 
 		 302 aa  298  7e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  48.11 
 
 		 302 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  48.11 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  46.99 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  46.79 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  44.33 
 
 		 319 aa  252  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  49.26 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  47.25 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  46.89 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  44.18 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  46.1 
 
 		 330 aa  249  3e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  43.46 
 
 		 291 aa  249  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.23 
 
 		 306 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  45.23 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.27 
 
 		 301 aa  246  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  45.58 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.26 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  45.91 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  45.55 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  42.36 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  44.82 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  45.55 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  44.48 
 
 		 299 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  43.71 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  45.07 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  44.37 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.68 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  43 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  44.37 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  45.69 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  41.79 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  43.34 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  44.65 
 
 		 305 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  43.45 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.45 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.45 
 
 		 328 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  42.65 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.45 
 
 		 328 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  43.75 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  43.75 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  44.29 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  44.98 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  43.75 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  43.75 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  48.52 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  43.6 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  42.65 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 297 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  43.57 
 
 		 334 aa  235  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  44.19 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  45.72 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  44.19 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.53 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.05 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  44.19 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  44.19 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  44.19 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.27 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  44.16 
 
 		 297 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  43.82 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  42.76 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  43.82 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  43.45 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  42.71 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  43.46 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  43.12 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  40.22 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  44.13 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  41.03 
 
 		 310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  42.95 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  42.91 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  41.03 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  42.86 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.66 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  42.32 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  41.1 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  41.1 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  43.07 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  41.1 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  42.38 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  44.36 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>