112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03625 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03625  small GTP-binding protein  100 
 
 
161 aa  333  5.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3991  small GTP-binding protein  66.67 
 
 
167 aa  226  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0881  small GTP-binding protein domain-containing protein  42.14 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.334755  hitchhiker  0.000103971 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3603  small GTP-binding protein  35.58 
 
 
174 aa  99.8  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.802563 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2203  small GTP-binding protein  34.19 
 
 
176 aa  98.6  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02285  hypothetical protein  39.62 
 
 
161 aa  92.4  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM00590  conserved hypothetical protein  34.81 
 
 
213 aa  87.8  6e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0238603  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0080  small GTP-binding protein  32.03 
 
 
171 aa  87.8  6e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_51511  predicted protein  38.22 
 
 
201 aa  87.8  6e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.471468  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07602  hypothetical protein similar to small GTP-binding protein (Eurofung)  36.25 
 
 
184 aa  83.6  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.236475  normal  0.0559081 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00660  RAB small monomeric GTPase, putative  37.42 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32675  predicted protein  34.62 
 
 
205 aa  82  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0848585 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_22713  predicted protein  31.85 
 
 
203 aa  82  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.517638  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89948  GTP-binding protein  30.57 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.0054767 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00089  Small GTPase AvaA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8TGD9]  36.59 
 
 
205 aa  79  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21535  predicted protein  35.19 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05520  ras-related protein ypt1, putative  31.85 
 
 
205 aa  79  0.00000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_51727  predicted protein  31.85 
 
 
208 aa  77.8  0.00000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_67584  predicted protein  33.53 
 
 
215 aa  77.4  0.00000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.185544  normal  0.0163736 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12688  predicted protein  31.85 
 
 
212 aa  77  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0669113  normal  0.123552 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12689  predicted protein  31.01 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.166155  normal  0.0578353 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03842  RAB GTPase Ypt5, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G08040)  32.93 
 
 
218 aa  74.7  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_22095  predicted protein  33.77 
 
 
210 aa  74.3  0.0000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04915  RAB GTPase Vps21/Ypt51, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G10740)  29.32 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51244  GTP-binding protein of the rab/ypt family  30.3 
 
 
212 aa  73.6  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33115  predicted protein  32.92 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.26784 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51810  predicted protein  30.38 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_31160  predicted protein  28.66 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01190  GTPase, putative  36.13 
 
 
252 aa  72.8  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0571  small GTP-binding protein  33.77 
 
 
157 aa  73.2  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000000068839  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32150  predicted protein  33.54 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.495831 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_30139  predicted protein  31.25 
 
 
207 aa  70.9  0.000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04281  GTP-binding protein ypt1 (Broad)  30 
 
 
201 aa  70.9  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04340  Rab/GTPase, putative  29.3 
 
 
211 aa  70.9  0.000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.260268  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61694  predicted protein  31.68 
 
 
224 aa  70.5  0.000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68134  predicted protein  30 
 
 
220 aa  70.5  0.000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00347  Ras GTPase similar to RAB11B (Eurofung)  29.49 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.521067  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63641  Rab5-like GTPase  31.25 
 
 
215 aa  69.7  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.38675  normal  0.213062 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71522  GTP-binding protein of the rab family  29.45 
 
 
208 aa  68.6  0.00000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.203181 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14983  predicted protein  33.13 
 
 
207 aa  68.6  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0227158  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44216  predicted protein  30.38 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38767  predicted protein  30.06 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0208811 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_24119  predicted protein  31.01 
 
 
202 aa  65.5  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52636  GTP-binding protein of the rab family  30.23 
 
 
230 aa  65.1  0.0000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88308  predicted protein  28.83 
 
 
183 aa  65.1  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.359872 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01820  ras-related protein ypt3 (rab), putative  29.25 
 
 
205 aa  64.7  0.0000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_15391  predicted protein  29.11 
 
 
203 aa  63.9  0.0000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.591039  normal  0.0150385 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06974  Rab GTPase SrgA (Eurofung)  26.11 
 
 
206 aa  61.6  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00000000778226 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00920  Rab family GTP-binding protein, putative  34.17 
 
 
885 aa  61.6  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_51199  predicted protein  27.87 
 
 
237 aa  61.2  0.000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02560  conserved hypothetical protein  30.07 
 
 
240 aa  60.5  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02000  GTPase, putative  34.78 
 
 
175 aa  58.9  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9927  predicted protein  28.49 
 
 
191 aa  58.5  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00528881  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62699  predicted protein  28.24 
 
 
199 aa  58.2  0.00000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.1708  normal  0.632986 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01660  small monomeric GTPase, putative  27.5 
 
 
193 aa  56.6  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_6635  predicted protein  28.85 
 
 
159 aa  55.8  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.279831  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43276  predicted protein  28.57 
 
 
186 aa  55.1  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.348621 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43397  predicted protein  28.57 
 
 
186 aa  55.1  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND00140  GTPase, putative  28.81 
 
 
233 aa  53.9  0.0000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0177882  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB03660  RHEB small monomeric GTPase, putative  29.19 
 
 
189 aa  53.5  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.99887  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04953  hypothetical protein similar to Rho GTPases (Eurofung)  27.75 
 
 
199 aa  53.1  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02474  ras-like GTP-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03100)  33.68 
 
 
307 aa  52.4  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00182  Ras-like protein Precursor [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12526]  30.34 
 
 
212 aa  52.8  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.326339  normal  0.668577 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0461  small GTP-binding protein  23.75 
 
 
761 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.981237  normal  0.556808 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07206  GTP binding protein (SPG1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10330)  26.88 
 
 
314 aa  52  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.214538  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0332  GTP-binding protein Era  27.44 
 
 
293 aa  52  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4041  small GTP-binding protein  25.31 
 
 
937 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.668162  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3999  small GTP-binding protein  25.31 
 
 
937 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08868  hypothetical protein similar to small GTPase RAS2 (Broad)  29.3 
 
 
187 aa  52  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000000107682 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04210  conserved hypothetical protein  29.22 
 
 
182 aa  51.2  0.000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57530  predicted protein  29.25 
 
 
237 aa  51.2  0.000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64341  GTP-binding protein of the ras family  24.69 
 
 
182 aa  51.2  0.000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41392  predicted protein  30 
 
 
191 aa  50.8  0.000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0613331  normal  0.283654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3253  small GTP-binding protein  26.53 
 
 
867 aa  50.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32671  GTP-binding protein  26.11 
 
 
261 aa  50.1  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0460468 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04140  Rho small monomeric GTPase, putative  32.26 
 
 
224 aa  49.3  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.764266  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30484  predicted protein  28.66 
 
 
200 aa  49.3  0.00002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0430346  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_53175  predicted protein  28.46 
 
 
158 aa  49.3  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_79030  Ras-related small GTPase, Rho type  25.97 
 
 
186 aa  48.5  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.554484  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29284  predicted protein  30.16 
 
 
200 aa  48.5  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41856  predicted protein  23.75 
 
 
220 aa  47.4  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00446099  hitchhiker  0.00310862 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35392  GTP-binding protein, rho subfamily  28.32 
 
 
199 aa  46.6  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0874099  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45361  GTP-binding protein of the rho family  25.83 
 
 
228 aa  46.6  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.381371  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04685  RAS small monomeric GTPase (Rsr1), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G08950)  26.62 
 
 
202 aa  46.2  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05482  Small GTPase RanA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6T4V9]  28.05 
 
 
215 aa  45.8  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.337207  normal  0.914788 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_40841  predicted protein  24.07 
 
 
254 aa  45.8  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_51169  predicted protein  28.05 
 
 
213 aa  45.8  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02630  Rho1 GTPase  27.75 
 
 
216 aa  45.1  0.0004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.822258  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03934  ADP-ribosylation factor family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G08290)  28.3 
 
 
179 aa  45.1  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02810  RAS small monomeric GTPase, putative  26.35 
 
 
216 aa  45.1  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.191225  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG04330  signal transducer, putative  24.18 
 
 
230 aa  45.1  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00186621  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_44586  predicted protein  28.67 
 
 
178 aa  44.7  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.395695  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09072  Ras family GTPase (Rab4b), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02540)  32.56 
 
 
358 aa  44.3  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05106  secretion related GTPase SrgD (AFU_orthologue; AFUA_1G07680)  30.77 
 
 
175 aa  43.9  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00933055 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02687  GTP-binding protein rhoC Precursor (Rho3 protein homolog) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q96WY0]  35.29 
 
 
280 aa  43.9  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6989  small GTP-binding protein  25.47 
 
 
925 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84260  predicted protein  26.83 
 
 
214 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.514091 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40058  predicted protein  25.73 
 
 
198 aa  43.5  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0532739  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0837  leucine-rich repeat-containing protein  28.05 
 
 
1085 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51819  predicted protein  29.11 
 
 
187 aa  43.1  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>