111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3991 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3991  small GTP-binding protein  100 
 
 
167 aa  344  4e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03625  small GTP-binding protein  66.67 
 
 
161 aa  226  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0881  small GTP-binding protein domain-containing protein  42.33 
 
 
165 aa  131  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.334755  hitchhiker  0.000103971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2203  small GTP-binding protein  35 
 
 
176 aa  103  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3603  small GTP-binding protein  33.13 
 
 
174 aa  96.7  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.802563 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02285  hypothetical protein  38.46 
 
 
161 aa  91.3  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0080  small GTP-binding protein  32.1 
 
 
171 aa  86.3  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05520  ras-related protein ypt1, putative  32.34 
 
 
205 aa  84.3  8e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_22713  predicted protein  30.49 
 
 
203 aa  83.2  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.517638  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_51727  predicted protein  31.71 
 
 
208 aa  81.3  0.000000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_51511  predicted protein  35.33 
 
 
201 aa  80.5  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.471468  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12689  predicted protein  31.52 
 
 
203 aa  79  0.00000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.166155  normal  0.0578353 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71522  GTP-binding protein of the rab family  30.49 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.203181 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_67584  predicted protein  31.28 
 
 
215 aa  77  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.185544  normal  0.0163736 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00660  RAB small monomeric GTPase, putative  32.58 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04281  GTP-binding protein ypt1 (Broad)  29.27 
 
 
201 aa  75.5  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00089  Small GTPase AvaA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8TGD9]  31.28 
 
 
205 aa  74.7  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89948  GTP-binding protein  29.3 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.0054767 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03842  RAB GTPase Ypt5, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G08040)  33.14 
 
 
218 aa  73.9  0.0000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07602  hypothetical protein similar to small GTP-binding protein (Eurofung)  31.87 
 
 
184 aa  73.9  0.0000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.236475  normal  0.0559081 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0571  small GTP-binding protein  32.9 
 
 
157 aa  73.6  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000000068839  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM00590  conserved hypothetical protein  30.99 
 
 
213 aa  73.9  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0238603  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_31160  predicted protein  31.71 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00347  Ras GTPase similar to RAB11B (Eurofung)  30.06 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.521067  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_30139  predicted protein  33.33 
 
 
207 aa  72  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_40841  predicted protein  28.92 
 
 
254 aa  72  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_51199  predicted protein  31.38 
 
 
237 aa  72  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33115  predicted protein  32.93 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.26784 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04340  Rab/GTPase, putative  28.31 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.260268  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62699  predicted protein  37.93 
 
 
199 aa  70.1  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.1708  normal  0.632986 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32675  predicted protein  30.19 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0848585 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61694  predicted protein  32.53 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51810  predicted protein  26.19 
 
 
213 aa  69.3  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05482  Small GTPase RanA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6T4V9]  28.24 
 
 
215 aa  68.6  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.337207  normal  0.914788 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01190  GTPase, putative  34.45 
 
 
252 aa  68.6  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01660  small monomeric GTPase, putative  28.89 
 
 
193 aa  68.6  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38767  predicted protein  30.91 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0208811 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21535  predicted protein  30.11 
 
 
236 aa  67  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14983  predicted protein  31.4 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0227158  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12688  predicted protein  30.25 
 
 
212 aa  66.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0669113  normal  0.123552 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06974  Rab GTPase SrgA (Eurofung)  29.41 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00000000778226 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04915  RAB GTPase Vps21/Ypt51, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G10740)  33.71 
 
 
258 aa  65.5  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41856  predicted protein  25.15 
 
 
220 aa  63.9  0.0000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00446099  hitchhiker  0.00310862 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68134  predicted protein  28.83 
 
 
220 aa  63.2  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63641  Rab5-like GTPase  30.67 
 
 
215 aa  63.5  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.38675  normal  0.213062 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84260  predicted protein  26.32 
 
 
214 aa  63.2  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.514091 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_51169  predicted protein  26.09 
 
 
213 aa  62.4  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07206  GTP binding protein (SPG1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10330)  32.18 
 
 
314 aa  60.8  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.214538  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32150  predicted protein  30.43 
 
 
214 aa  60.5  0.000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.495831 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_15391  predicted protein  28.22 
 
 
203 aa  60.5  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.591039  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_22095  predicted protein  29.81 
 
 
210 aa  60.1  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02560  conserved hypothetical protein  28.57 
 
 
240 aa  59.3  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51244  GTP-binding protein of the rab/ypt family  27.22 
 
 
212 aa  59.3  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_88308  predicted protein  27.68 
 
 
183 aa  59.7  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.359872 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44216  predicted protein  26.83 
 
 
229 aa  59.3  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02474  ras-like GTP-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03100)  37.89 
 
 
307 aa  58.5  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04210  conserved hypothetical protein  26.99 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52636  GTP-binding protein of the rab family  29.21 
 
 
230 aa  57.8  0.00000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00920  Rab family GTP-binding protein, putative  32.97 
 
 
885 aa  56.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02890  RAN small monomeric GTPase, putative  27.88 
 
 
211 aa  56.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_24119  predicted protein  29.22 
 
 
202 aa  56.2  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9927  predicted protein  27.27 
 
 
191 aa  56.6  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00528881  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01820  ras-related protein ypt3 (rab), putative  27.4 
 
 
205 aa  53.5  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43276  predicted protein  29.27 
 
 
186 aa  53.9  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.348621 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43397  predicted protein  29.27 
 
 
186 aa  53.9  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_6635  predicted protein  26.42 
 
 
159 aa  53.5  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.279831  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04685  RAS small monomeric GTPase (Rsr1), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G08950)  26.59 
 
 
202 aa  50.8  0.000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG04330  signal transducer, putative  28.1 
 
 
230 aa  50.4  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00186621  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB03660  RHEB small monomeric GTPase, putative  26.06 
 
 
189 aa  49.3  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.99887  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41392  predicted protein  28.45 
 
 
191 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0613331  normal  0.283654 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64341  GTP-binding protein of the ras family  25.9 
 
 
182 aa  49.3  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57530  predicted protein  25.48 
 
 
237 aa  47.8  0.00008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_53175  predicted protein  31.01 
 
 
158 aa  47.4  0.00009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04140  Rho small monomeric GTPase, putative  31.75 
 
 
224 aa  47.4  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.764266  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0332  GTP-binding protein Era  27.06 
 
 
293 aa  47  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40058  predicted protein  24.16 
 
 
198 aa  46.6  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0532739  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04167  Mitochondrial Rho GTPase 1 (EC 3.6.5.-)(GTPase EF-hand protein of mitochondria 1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B5L3]  27.85 
 
 
634 aa  45.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_44586  predicted protein  26.97 
 
 
178 aa  45.8  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.395695  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1824  hypothetical protein  25.54 
 
 
197 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_35392  GTP-binding protein, rho subfamily  24.31 
 
 
199 aa  45.1  0.0004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0874099  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02687  GTP-binding protein rhoC Precursor (Rho3 protein homolog) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q96WY0]  35.29 
 
 
280 aa  44.7  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0461  small GTP-binding protein  28.05 
 
 
761 aa  45.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.981237  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2799  small GTP-binding protein  25.45 
 
 
176 aa  45.1  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0639382  normal  0.479363 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01910  conserved hypothetical protein  23.86 
 
 
224 aa  44.7  0.0006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.606471  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00140  GTPase, putative  29.17 
 
 
233 aa  44.7  0.0006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0177882  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02630  Rho1 GTPase  23.16 
 
 
216 aa  44.7  0.0006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.822258  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0392  protein of unknown function ATP binding  24.06 
 
 
197 aa  44.3  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.494311  normal  0.506956 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02000  GTPase, putative  30.36 
 
 
175 aa  43.9  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0760  putative ATP/GTP-binding protein  27.7 
 
 
196 aa  43.5  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5185  protein of unknown function ATP binding  27.42 
 
 
195 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.729225  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_32671  GTP-binding protein  23.97 
 
 
261 aa  43.5  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0460468 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4263  protein of unknown function ATP binding  24.31 
 
 
205 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0218869 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1323  small GTP-binding protein  26.61 
 
 
193 aa  43.5  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.415004  normal  0.083818 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13157  predicted protein  30.77 
 
 
177 aa  42.7  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5269  hypothetical protein  25.38 
 
 
197 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05106  secretion related GTPase SrgD (AFU_orthologue; AFUA_1G07680)  26.19 
 
 
175 aa  42.4  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00933055 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09072  Ras family GTPase (Rab4b), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02540)  28.57 
 
 
358 aa  42.4  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00182  Ras-like protein Precursor [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12526]  26.67 
 
 
212 aa  42.4  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.326339  normal  0.668577 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29284  predicted protein  24.58 
 
 
200 aa  42.4  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3340  protein of unknown function ATP binding protein  29.69 
 
 
193 aa  42.4  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.294578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>