55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3078 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3077  O-antigen polymerase  69.53 
 
 		 504 aa  666    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3078  O-antigen polymerase  100 
 
 		 500 aa  1008    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2384  O-antigen polymerase  24.7 
 
 		 436 aa  76.3  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.486663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2459  O-antigen polymerase  34.53 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2009  O-antigen polymerase  21.15 
 
 		 459 aa  61.6  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1954  hypothetical protein  27.75 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4268  O-antigen polymerase  34.62 
 
 		 448 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2018  O-antigen polymerase  35.63 
 
 		 523 aa  55.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000808268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2808  O-antigen polymerase  24.47 
 
 		 494 aa  55.5  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3103  O-antigen polymerase  29.56 
 
 		 498 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.313581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0142  O-antigen polymerase  23.97 
 
 		 496 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0300218 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2960  O-antigen polymerase  32.47 
 
 		 436 aa  53.9  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.12688  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  25 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1788  O-antigen polymerase  25.31 
 
 		 446 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  25.19 
 
 		 540 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2737  O-antigen polymerase  30.13 
 
 		 542 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3580  O-antigen polymerase  26.17 
 
 		 504 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2412  hypothetical protein  23.01 
 
 		 444 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0301  O-antigen polymerase  27.27 
 
 		 464 aa  50.8  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3579  O-antigen polymerase  25.86 
 
 		 501 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4391  O-antigen polymerase  30.21 
 
 		 494 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6355  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5004  O-antigen polymerase family protein  26.32 
 
 		 436 aa  49.7  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0297  hypothetical protein  24.4 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.515931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2530  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  26 
 
 		 463 aa  49.3  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.0601314 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0714  O-antigen polymerase  19.49 
 
 		 781 aa  48.9  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1955  O-antigen polymerase  25.94 
 
 		 468 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  24.35 
 
 		 435 aa  48.5  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0287  O-antigen polymerase  24.85 
 
 		 415 aa  48.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0119  O-antigen polymerase  27.27 
 
 		 466 aa  48.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01295  secreted polysaccharide polymerase  28.32 
 
 		 385 aa  48.1  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3268  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  28.86 
 
 		 452 aa  47.4  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.869746  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1351  O-antigen polymerase  27.31 
 
 		 448 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3179  O-antigen polymerase  26.47 
 
 		 453 aa  47  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.579286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  24.85 
 
 		 428 aa  47  0.0009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4286  inorganic carbon transporter  28.06 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.816665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4434  O-antigen polymerase  25.11 
 
 		 474 aa  46.2  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3061  O-antigen polymerase  28.87 
 
 		 465 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1314  O-antigen polymerase  21.72 
 
 		 418 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4227  O-antigen polymerase  28.06 
 
 		 457 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  31.51 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0780  O-antigen polymerase  26.79 
 
 		 415 aa  45.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.292399  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1285  O-antigen polymerase  21.21 
 
 		 418 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2375  O-antigen polymerase  27.36 
 
 		 500 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02223  hypothetical protein  22.98 
 
 		 461 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0279  bicarbonate transporter  30.57 
 
 		 438 aa  45.1  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0127  hypothetical protein  25.15 
 
 		 845 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1940  O-antigen polymerase  26.04 
 
 		 453 aa  44.7  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0654  O-antigen polymerase  28.87 
 
 		 480 aa  44.3  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0733  O-antigen polymerase  29.32 
 
 		 485 aa  44.3  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.480414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2018  O-antigen polymerase  27.23 
 
 		 456 aa  44.3  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  26.13 
 
 		 754 aa  44.3  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  23.33 
 
 		 594 aa  44.3  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4498  O-antigen polymerase  27.59 
 
 		 447 aa  43.5  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  25.44 
 
 		 451 aa  43.1  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3597  O-antigen polymerase  23.91 
 
 		 438 aa  43.5  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.312058 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>