174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3716 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3716  oligoribonuclease  100 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.952269  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19630  N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase  67.16 
 
 		 634 aa  277  6e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0180286  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2435  oligoribonuclease  64.36 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0500585  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2185  oligoribonuclease  63.83 
 
 		 208 aa  266  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000203098 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24870  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  62.63 
 
 		 220 aa  265  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.82834 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1649  oligoribonuclease  64.95 
 
 		 269 aa  262  2e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.554791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2269  oligoribonuclease  63.24 
 
 		 213 aa  260  8.999999999999999e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1351  oligoribonuclease  62.05 
 
 		 222 aa  258  4e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1343  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  68.48 
 
 		 229 aa  256  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.801458  hitchhiker  0.000880887 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7676  putative oligoribonuclease; K01175  64.55 
 
 		 200 aa  254  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2655  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.14 
 
 		 235 aa  253  1.0000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.785262 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1254  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.9 
 
 		 204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.55 
 
 		 212 aa  251  5.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00161655  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2680  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.41 
 
 		 198 aa  251  6e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0564  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.28 
 
 		 216 aa  250  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.686303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0907  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.61 
 
 		 222 aa  246  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.206307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1056  oligoribonuclease  60.62 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0686541  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28650  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  62.37 
 
 		 202 aa  239  2.9999999999999997e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0552434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5970  oligoribonuclease  63.64 
 
 		 213 aa  237  8e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08840  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  62.37 
 
 		 223 aa  237  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0178877  normal  0.0713087 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1126  oligoribonuclease  61.03 
 
 		 198 aa  237  1e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.499716  normal  0.391456 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1017  oligoribonuclease  60.51 
 
 		 196 aa  235  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1040  oligoribonuclease  57.51 
 
 		 250 aa  230  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.221334 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3640  oligoribonuclease  58.59 
 
 		 215 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00635145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3713  oligoribonuclease  58.59 
 
 		 215 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.189526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3645  oligoribonuclease  58.59 
 
 		 215 aa  229  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1782  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.87 
 
 		 212 aa  228  5e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00227296  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5510  oligoribonuclease  57.37 
 
 		 210 aa  223  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15717  normal  0.933486 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2012  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.79 
 
 		 194 aa  221  4.9999999999999996e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1466  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.99 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12533  oligoribonuclease  55.9 
 
 		 215 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601507 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2543  oligoribonuclease  54.46 
 
 		 214 aa  218  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.253552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4100  oligoribonuclease  53.96 
 
 		 214 aa  218  5e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0350683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09680  oligoribonuclease (3'->5' exoribonuclease)  54.84 
 
 		 208 aa  211  5.999999999999999e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.508062  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1339  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.08 
 
 		 198 aa  209  3e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1425  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.14 
 
 		 191 aa  207  6e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1081  exonuclease  53.09 
 
 		 235 aa  207  1e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1900  oligoribonuclease  52.36 
 
 		 216 aa  197  7e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5181  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.3 
 
 		 187 aa  160  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0863  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.11 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.859258  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57408  predicted protein  42.86 
 
 		 211 aa  153  2e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.241449  normal  0.12604 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  44.51 
 
 		 184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2743  oligoribonuclease  44.89 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  45.66 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3335  oligoribonuclease  43.18 
 
 		 179 aa  149  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.475979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2426  oligoribonuclease  42.22 
 
 		 190 aa  147  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.142908 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  42.86 
 
 		 181 aa  147  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  46.02 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  43.18 
 
 		 178 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  42.29 
 
 		 181 aa  145  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  42.78 
 
 		 181 aa  145  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2320  oligoribonuclease Orn  43.88 
 
 		 194 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.88 
 
 		 194 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.552747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  45.09 
 
 		 181 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  45.09 
 
 		 181 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  45.09 
 
 		 181 aa  144  9e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10348  RNA exonuclease Rex2, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11820)  42.47 
 
 		 194 aa  144  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.111499 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4379  oligoribonuclease  42.29 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  42.61 
 
 		 178 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  43.5 
 
 		 187 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  45.03 
 
 		 180 aa  143  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.17 
 
 		 183 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  45.03 
 
 		 180 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  44.51 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  44.51 
 
 		 180 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00920  oligoribonuclease  41.08 
 
 		 194 aa  143  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0529998  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  44.51 
 
 		 180 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  44.25 
 
 		 193 aa  143  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 		 180 aa  142  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1100  oligoribonuclease  41.14 
 
 		 184 aa  142  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0275698  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  43.58 
 
 		 205 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  43.33 
 
 		 181 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  43.33 
 
 		 181 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  43.33 
 
 		 181 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  43.33 
 
 		 181 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  43.33 
 
 		 181 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.83 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  44.44 
 
 		 180 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  44.83 
 
 		 181 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  43.93 
 
 		 181 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  44.44 
 
 		 180 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  45.4 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0586  oligoribonuclease  41.76 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.51167  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  43.86 
 
 		 180 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  44.83 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  44.57 
 
 		 210 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  45.61 
 
 		 182 aa  138  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  41.53 
 
 		 180 aa  138  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  45.03 
 
 		 180 aa  137  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  46.33 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  42.05 
 
 		 181 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00551  oligoribonuclease  41.71 
 
 		 181 aa  136  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>