More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0871 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  642    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.77 
 
 
315 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.04 
 
 
315 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.48 
 
 
319 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.83 
 
 
315 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.86 
 
 
315 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.86 
 
 
315 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  64.86 
 
 
315 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  62.97 
 
 
313 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.06 
 
 
313 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.33 
 
 
320 aa  189  5.999999999999999e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
343 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.38 
 
 
329 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  34.29 
 
 
329 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 
311 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.02 
 
 
342 aa  149  7e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  32.07 
 
 
338 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  30.61 
 
 
345 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.18 
 
 
329 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  32.17 
 
 
316 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.53 
 
 
315 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.98 
 
 
339 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  32.17 
 
 
357 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 
312 aa  138  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3131  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.08 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793964  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1348  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.41 
 
 
313 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.567327  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.75 
 
 
330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4172  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.3 
 
 
312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000333211 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.15 
 
 
313 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.08 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  30.89 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1086  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.49 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.199216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.3 
 
 
318 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
350 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3601  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.16 
 
 
313 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0339388  normal  0.918722 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0626  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.21 
 
 
313 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833097  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4965  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.89 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111268  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4445  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.89 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000956374 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.58 
 
 
316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.51 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  30.22 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3330  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.740967  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5037  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.680261  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  29.97 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  29.7 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1132  putative solute-binding component of ABC transporter  30.5 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0041819  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.89 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 
326 aa  112  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  27.93 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  30.16 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.39 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.55 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.9 
 
 
343 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6094  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.4 
 
 
323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 
320 aa  109  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  26.51 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.8 
 
 
320 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1853  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.66 
 
 
316 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1963  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 
316 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.074975  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.74 
 
 
321 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 
323 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 
323 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  30.18 
 
 
289 aa  108  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.5 
 
 
329 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  28.46 
 
 
312 aa  107  3e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  27.97 
 
 
311 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  28.26 
 
 
308 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.23 
 
 
331 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  29.63 
 
 
294 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.91 
 
 
315 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.15 
 
 
310 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0377359  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 
329 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.02 
 
 
319 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.158898  normal  0.129182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2119  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  26.44 
 
 
341 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2854  putative secreted solute-binding lipoprotein  29.15 
 
 
324 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  25.54 
 
 
307 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6266  rhamnose ABC transporter rhamnose-binding protein  25.5 
 
 
331 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.569594  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.23 
 
 
324 aa  102  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  28.42 
 
 
316 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2212  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose-binding protein  26.89 
 
 
330 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.104968 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2009  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.19 
 
 
325 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.72 
 
 
296 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
296 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
294 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
296 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.93 
 
 
338 aa  100  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
296 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.72 
 
 
296 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.72 
 
 
294 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3767  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.62 
 
 
343 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0706737  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.72 
 
 
296 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  27.36 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  27.91 
 
 
311 aa  99  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  27.91 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  27.91 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  27.91 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  27.91 
 
 
313 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.68 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.04 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  25.91 
 
 
296 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>