More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1536 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1536  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 357 aa  684    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.413488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4194  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  55.77 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0104113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1543  LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 156 aa  99  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.24149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2084  LuxR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 288 aa  85.9  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3743  transcriptional regulator, LuxR family  40.88 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4865  response regulator receiver protein  42.73 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0959639 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0881  transcriptional regulator, LuxR family  45.95 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1620  LuxR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4025  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1565  response regulator receiver protein  56.45 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2809  regulatory protein, LuxR  41.67 
 
 		 286 aa  67  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 781 aa  66.6  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 221 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4439  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.61 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.45 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4526  putative GAF sensor protein  51.61 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4820  putative GAF sensor protein  51.61 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0447  two component LuxR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.013193  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.7 
 
 		 14916 aa  63.2  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7415  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 209 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  49.3 
 
 		 867 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 197 aa  61.6  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.3 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0084  regulatory protein LuxR  36.84 
 
 		 267 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2599  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  50.82 
 
 		 916 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5613  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.56 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0211915  normal  0.642006 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.1 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0612  two component LuxR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.105579 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  52.46 
 
 		 947 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  49.23 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 799 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 208 aa  59.3  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 226 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 		 211 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5878  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.23 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.464013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  50 
 
 		 205 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1049  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.82 
 
 		 222 aa  58.9  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.245945 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 208 aa  58.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3998  response regulator receiver protein  49.35 
 
 		 233 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.363745  normal  0.263649 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2814  LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 146 aa  59.3  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0940527 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 210 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6351  two component LuxR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 244 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  50.79 
 
 		 913 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.61 
 
 		 894 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.11 
 
 		 213 aa  58.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7658  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.18 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3277  transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 224 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1651  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.9 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 209 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 215 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  44.93 
 
 		 861 aa  58.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  52.94 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  50 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1505  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 522 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  50 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50.82 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  52.94 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.69 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2445  response regulator receiver protein  40.8 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0115114  normal  0.02149 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1600  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.240626  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1000  two component LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 177 aa  57  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00026015 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 208 aa  57  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 215 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 206 aa  57  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4439  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  45.59 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4179  hypothetical protein  50.85 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365276 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  46.43 
 
 		 216 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  47.5 
 
 		 906 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.1 
 
 		 211 aa  57  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  52.83 
 
 		 921 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.77 
 
 		 221 aa  57  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>