More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1220 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1220  50S ribosomal protein L21  100 
 
 		 105 aa  207  3e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5260  50S ribosomal protein L21  97.14 
 
 		 105 aa  202  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15095  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1187  ribosomal protein L21  71.15 
 
 		 103 aa  148  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2059  ribosomal protein L21  70 
 
 		 103 aa  144  3e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12500  LSU ribosomal protein L21P  70.71 
 
 		 104 aa  143  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.621889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12469  50S ribosomal protein L21  72.73 
 
 		 104 aa  142  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0103879  normal  0.999566 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3550  50S ribosomal protein L21  71 
 
 		 103 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3555  50S ribosomal protein L21  71 
 
 		 103 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3623  50S ribosomal protein L21  71 
 
 		 103 aa  141  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1503  50S ribosomal protein L21  66.02 
 
 		 103 aa  140  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0308225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2635  50S ribosomal protein L21  70 
 
 		 107 aa  140  7e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.159083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3481  50S ribosomal protein L21  65.38 
 
 		 104 aa  139  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0592403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3860  50S ribosomal protein L21  65.38 
 
 		 104 aa  139  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.494597  hitchhiker  0.00226444 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5480  50S ribosomal protein L21  66.35 
 
 		 104 aa  139  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3946  50S ribosomal protein L21  70 
 
 		 107 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.664531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1473  ribosomal protein L21  68.69 
 
 		 103 aa  136  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.447954  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1588  ribosomal protein L21  67.96 
 
 		 103 aa  135  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00538788  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2460  50S ribosomal protein L21  58.65 
 
 		 104 aa  127  7.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.179823 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2260  ribosomal protein L21  63.37 
 
 		 102 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.486233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3451  50S ribosomal protein L21  59 
 
 		 102 aa  122  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147626  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11540  LSU ribosomal protein L21P  56 
 
 		 102 aa  121  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.536091  normal  0.231527 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2145  50S ribosomal protein L21  56.44 
 
 		 102 aa  120  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.69528e-18 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2391  50S ribosomal protein L21  57.43 
 
 		 102 aa  120  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0526513  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2283  ribosomal protein L21  69.31 
 
 		 106 aa  120  8e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.293262  hitchhiker  0.000417137 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1652  ribosomal protein L21  65.35 
 
 		 102 aa  118  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000324409 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11400  LSU ribosomal protein L21P  67.33 
 
 		 106 aa  118  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103652  hitchhiker  0.00107397 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1622  ribosomal protein L21  61 
 
 		 101 aa  116  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.823278  normal  0.700415 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18270  LSU ribosomal protein L21P  55 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0755051  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0756  50S ribosomal protein L21P  59.62 
 
 		 136 aa  115  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.984095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7272  50S ribosomal protein L21  58.65 
 
 		 110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3380  ribosomal protein L21  53 
 
 		 112 aa  114  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1547  ribosomal protein L21  53.85 
 
 		 104 aa  114  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00649345  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7271  50S ribosomal protein L21P  53.47 
 
 		 100 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.60592  normal  0.0840523 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3457  ribosomal protein L21  61 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.543673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2182  50S ribosomal protein L21  53 
 
 		 103 aa  106  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10110  LSU ribosomal protein L21P  55 
 
 		 101 aa  106  9.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.56595  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0678  ribosomal protein L21  49.04 
 
 		 116 aa  103  9e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000153253  normal  0.209425 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1616  50S ribosomal protein L21  54.46 
 
 		 102 aa  100  9e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151262  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  47.52 
 
 		 103 aa  90.9  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  46.15 
 
 		 104 aa  90.5  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2664  ribosomal protein L21  47.52 
 
 		 114 aa  89.4  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.341315 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0488  ribosomal protein L21  48.51 
 
 		 103 aa  88.6  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2551  50S ribosomal protein L21  40.59 
 
 		 102 aa  84.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000316052  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  84  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  84  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0891  50S ribosomal protein L21  46.53 
 
 		 103 aa  83.6  9e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0723214 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3072  50S ribosomal protein L21  40.59 
 
 		 103 aa  83.2  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000583134  unclonable  0.0000000178409 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2583  50S ribosomal protein L21  42.57 
 
 		 102 aa  81.6  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.5903200000000002e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2695  50S ribosomal protein L21  40 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000171739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2182  ribosomal protein L21  44.66 
 
 		 103 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.035762  normal  0.921653 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  45.1 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  44.12 
 
 		 103 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0090  ribosomal protein L21  44.23 
 
 		 104 aa  80.1  0.000000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0253014 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  41.75 
 
 		 105 aa  80.1  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  43.14 
 
 		 103 aa  80.1  0.000000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000276317  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1136  50S ribosomal protein L21  42.45 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000463579  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1817  ribosomal protein L21  45.1 
 
 		 104 aa  79.7  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4512  ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  79.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3799  50S ribosomal protein L21  45.1 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1584  50S ribosomal protein L21  43 
 
 		 108 aa  80.1  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  42.57 
 
 		 104 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1527  50S ribosomal protein L21  43 
 
 		 108 aa  80.1  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1107  ribosomal protein L21  44.34 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000212125  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  39.6 
 
 		 103 aa  79.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2927  50S ribosomal protein L21  47.52 
 
 		 103 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789228  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  43.14 
 
 		 103 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2117  50S ribosomal protein L21  40.2 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000135569  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0484  ribosomal protein L21  39.6 
 
 		 105 aa  78.2  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.239256  normal  0.0811402 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0749  ribosomal protein L21  46 
 
 		 101 aa  78.2  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000486349  hitchhiker  0.00474582 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  45.54 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  44.55 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000280256  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0418  50S ribosomal protein L21  39.6 
 
 		 103 aa  77.8  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2001  50S ribosomal protein L21  40.78 
 
 		 120 aa  77.8  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0536247  normal  0.99837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3622  50S ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000442245  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  43.56 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3089  50S ribosomal protein L21  46.53 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  43.4 
 
 		 115 aa  77.4  0.00000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000196723  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  41.18 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  41.18 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  39.6 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  39.6 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000620592  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  39.6 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1525  50S ribosomal protein L21P  44 
 
 		 95 aa  77.4  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.434446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  41.18 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  42.45 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3511  50S ribosomal protein L21  44.12 
 
 		 131 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.917781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  42.31 
 
 		 104 aa  76.6  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2250  50S ribosomal protein L21  41 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00445864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  44.55 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000230006  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  42.16 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  42.57 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  43.14 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2216  50S ribosomal protein L21  44 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.824746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0898  ribosomal protein L21  44.55 
 
 		 103 aa  76.6  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000121247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>