More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0720 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  100 
 
 		 104 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  100 
 
 		 104 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  100 
 
 		 104 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  99.04 
 
 		 104 aa  207  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  93.14 
 
 		 103 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  91.18 
 
 		 103 aa  191  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  90.2 
 
 		 103 aa  191  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  90.2 
 
 		 103 aa  188  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  88.24 
 
 		 103 aa  182  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  86.27 
 
 		 103 aa  180  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  84.31 
 
 		 103 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  80.39 
 
 		 103 aa  168  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  70.59 
 
 		 103 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000186548  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000033092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000190707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1008  50S ribosomal protein L21P  73 
 
 		 103 aa  150  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000012148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0954  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.361102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  70.3 
 
 		 102 aa  148  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1004  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  148  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000156676  decreased coverage  0.00000356458 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0979  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128697  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000276317  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3089  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 103 aa  147  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  65.69 
 
 		 103 aa  147  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 		 103 aa  147  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000245664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0895  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000281262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3125  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 		 103 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  65.69 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000280256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2927  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789228  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  65.69 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000230006  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3652  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 		 103 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3219  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 		 103 aa  145  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000450477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 		 103 aa  143  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000650093  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 103 aa  142  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000270537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 103 aa  142  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000620592  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 103 aa  142  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0473  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  140  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000637379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0558  50S ribosomal protein L21  62.75 
 
 		 103 aa  140  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000282146  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0793  50S ribosomal protein L21  62.75 
 
 		 103 aa  140  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000236829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  62.75 
 
 		 103 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000647108  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3738  50S ribosomal protein L21  63.73 
 
 		 103 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000915025  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3360  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  138  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000107263  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  65 
 
 		 105 aa  134  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03051  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00856225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0521  ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111872  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  61.76 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3622  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000442245  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000280512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4508  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000766256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0514  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000928168  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03002  hypothetical protein  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00734484  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3671  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000125607  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3584  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.68689e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3379  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.03555e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3482  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000216305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3565  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3601  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000243272  normal  0.724724 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3494  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000360043  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4512  ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 103 aa  132  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  64 
 
 		 115 aa  130  5e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  63 
 
 		 115 aa  130  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000196723  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  61 
 
 		 103 aa  128  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  60 
 
 		 103 aa  127  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  59 
 
 		 103 aa  125  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  56.86 
 
 		 103 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  124  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1815  50S ribosomal protein L21  59 
 
 		 103 aa  124  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 104 aa  124  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1584  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  123  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  57.84 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2246  ribosomal protein L21  55.88 
 
 		 103 aa  121  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000000579103  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  121  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  121  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0194  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 		 103 aa  121  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000399206  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  56 
 
 		 103 aa  120  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 		 103 aa  120  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  59.8 
 
 		 104 aa  120  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  120  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  120  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 		 103 aa  120  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1527  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 		 108 aa  120  7e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0212  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 103 aa  119  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.237362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4218  ribosomal protein L21  56 
 
 		 103 aa  118  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0511  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0526818 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1613  ribosomal protein L21  53.4 
 
 		 104 aa  118  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000143983  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0751  50S ribosomal protein L21  56 
 
 		 103 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510595 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 		 103 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 		 103 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0839  50S ribosomal protein L21  56 
 
 		 103 aa  117  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 		 104 aa  115  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2652  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 		 103 aa  114  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0214685  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>