More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1613 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1613  ribosomal protein L21  100 
 
 
104 aa  207  4e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000143983  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2551  50S ribosomal protein L21  61.54 
 
 
102 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000316052  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3639  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 
106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.211161  normal  0.460303 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14120  ribosomal protein L21  60.58 
 
 
132 aa  124  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000020004  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4342  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000792007  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4178  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000215855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4189  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000221763  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4562  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4676  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000541425  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0672  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058928  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4524  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.227549 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4290  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 
102 aa  124  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000204563  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2542  50S ribosomal protein L21  61.54 
 
 
102 aa  123  7e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107252  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0557  50S ribosomal protein L21  58.25 
 
 
104 aa  123  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0908  50S ribosomal protein L21  61.54 
 
 
102 aa  123  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4577  50S ribosomal protein L21  62.5 
 
 
102 aa  120  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4536  50S ribosomal protein L21  62.5 
 
 
102 aa  120  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000024347  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3159  50S ribosomal protein L21  62.5 
 
 
102 aa  120  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  120  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0528  LSU ribosomal protein L21P  54.9 
 
 
105 aa  119  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000314721  normal  0.0648097 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4338  50S ribosomal protein L21  55.77 
 
 
103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  2.9959e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2117  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 
104 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000135569  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  53.4 
 
 
104 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  53.4 
 
 
104 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
103 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  53.4 
 
 
104 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0745  ribosomal protein L21  54.81 
 
 
156 aa  118  3e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000031212  hitchhiker  0.00014666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
104 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1452  ribosomal protein L21  57.28 
 
 
103 aa  117  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000000564167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1817  ribosomal protein L21  54.37 
 
 
104 aa  117  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2385  50S ribosomal protein L21  54.81 
 
 
103 aa  117  7e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.26832  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2097  50S ribosomal protein L21  54.81 
 
 
103 aa  117  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000000174433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000190707  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  53.85 
 
 
104 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000033092  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3089  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
104 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000186548  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000650093  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3315  ribosomal protein L21  54.81 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000262091  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  51.92 
 
 
103 aa  114  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0954  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  114  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.361102  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2583  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
102 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.5903200000000002e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0979  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  114  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128697  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1192  50S ribosomal protein L21  56.73 
 
 
102 aa  114  6e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  114  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000245664  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1815  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
103 aa  114  6e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1004  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  114  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000156676  decreased coverage  0.00000356458 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  113  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2927  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789228  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0194  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000399206  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3236  50S ribosomal protein L21  55.77 
 
 
102 aa  111  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000156169  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0212  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  111  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.237362 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  111  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  47.12 
 
 
103 aa  111  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000276317  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  111  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000620592  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  111  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000270537  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  111  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0160  50S ribosomal protein L21  54.81 
 
 
103 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00136073  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0926  ribosomal protein L21  52.94 
 
 
102 aa  110  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000598947  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0895  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000281262  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3125  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3652  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2535  ribosomal protein L21  52.88 
 
 
114 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00752962  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1326  50S ribosomal protein L21P  55.45 
 
 
99 aa  110  7.000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.0000107304  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3219  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000450477  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2652  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0214685  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3590  50S ribosomal protein L21  57.69 
 
 
102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000239742  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1180  50S ribosomal protein L21  53.4 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00135426  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000230006  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3360  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000107263  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265275  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  49.04 
 
 
103 aa  108  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  47.12 
 
 
103 aa  108  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3449  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00752607  hitchhiker  0.00404832 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0473  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000637379  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000647108  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0507  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4218  ribosomal protein L21  48.04 
 
 
103 aa  107  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  107  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  107  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0751  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 
103 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00510595 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0304  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
102 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000140365  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0898  ribosomal protein L21  50.98 
 
 
103 aa  106  8.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000121247  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  48.08 
 
 
103 aa  106  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>