More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3457 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  100 
 
 		 320 aa  653    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  84.95 
 
 		 338 aa  480  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  83.46 
 
 		 273 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  72.48 
 
 		 281 aa  384  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  73.52 
 
 		 282 aa  384  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  70.52 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  70.52 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  70.52 
 
 		 285 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  65.02 
 
 		 279 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  65.02 
 
 		 279 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  64.15 
 
 		 278 aa  335  7e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 282 aa  265  7e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 277 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  51.23 
 
 		 278 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  49.38 
 
 		 264 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  40.57 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  39.02 
 
 		 259 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 254 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  37.66 
 
 		 248 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  38.52 
 
 		 259 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  38.84 
 
 		 256 aa  175  9e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  38.65 
 
 		 254 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  31.43 
 
 		 266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  32.9 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  33.78 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  30.6 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 218 aa  95.9  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  32.05 
 
 		 250 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 247 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 230 aa  89.7  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 268 aa  89.4  7e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  29.02 
 
 		 241 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 261 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  87  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 248 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  29.57 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  31.34 
 
 		 248 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  33.62 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0271  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  28.51 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  30.13 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  29.33 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  28.69 
 
 		 241 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  28.7 
 
 		 255 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  28.45 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  31.88 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  32.31 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  32.6 
 
 		 248 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 246 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  29.33 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.23 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 227 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  36.97 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  27.23 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  28.92 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  28.92 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  28.92 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  28.92 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  29.06 
 
 		 243 aa  75.5  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  28.92 
 
 		 242 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  29.75 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  29.75 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  29.22 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  29.75 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  29.75 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  29.58 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  29.75 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  28.05 
 
 		 236 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  29.17 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.76 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  29.17 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  29.37 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  27.71 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  29.17 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  27.59 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  29.17 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  27.31 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>