More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2238 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  691    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  62.95 
 
 		 345 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.53 
 
 		 342 aa  404  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  53.98 
 
 		 350 aa  325  7e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  47.73 
 
 		 338 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  36.14 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  36.7 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.3 
 
 		 343 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  34.56 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  39.55 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.1 
 
 		 352 aa  193  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  38.59 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  35.95 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  35.88 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  36.44 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 330 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  33.75 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  38.03 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  38.03 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 340 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 		 344 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  37.38 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.74 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 350 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  34.02 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 		 336 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.44 
 
 		 334 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  31.83 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.35 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.95 
 
 		 341 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.96 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  32.52 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2601  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  32.62 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.91 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 391 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 334 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 359 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  31.61 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  33.11 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.01 
 
 		 335 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  28.75 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.12 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 343 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  29.05 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  34.89 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 344 aa  153  5e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 338 aa  153  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 330 aa  152  8.999999999999999e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  32.1 
 
 		 332 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.94 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.7 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  29.48 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  29.97 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>