More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2119 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  100 
 
 		 524 aa  1036    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  48.88 
 
 		 530 aa  505  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  44.91 
 
 		 526 aa  458  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  47.47 
 
 		 524 aa  442  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  45.19 
 
 		 552 aa  429  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  42.12 
 
 		 558 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.11 
 
 		 659 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  45.11 
 
 		 659 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  47.43 
 
 		 541 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  44.12 
 
 		 545 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  42.5 
 
 		 538 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  41.31 
 
 		 543 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  42.05 
 
 		 494 aa  398  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  41.81 
 
 		 606 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  43.82 
 
 		 523 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  45.33 
 
 		 661 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.55 
 
 		 573 aa  389  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.81 
 
 		 551 aa  389  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  42.94 
 
 		 667 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42 
 
 		 657 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  42.69 
 
 		 526 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  44.33 
 
 		 660 aa  381  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  40.35 
 
 		 584 aa  380  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  43.02 
 
 		 661 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  42.34 
 
 		 538 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.02 
 
 		 506 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  42.15 
 
 		 661 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 		 668 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 		 498 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  43.51 
 
 		 549 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  44.15 
 
 		 682 aa  379  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.85 
 
 		 567 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.33 
 
 		 578 aa  375  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.51 
 
 		 503 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  43.7 
 
 		 673 aa  371  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  42.12 
 
 		 637 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.43 
 
 		 685 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  42.13 
 
 		 682 aa  368  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 658 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  42.32 
 
 		 606 aa  365  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  40.69 
 
 		 567 aa  368  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 658 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  41.4 
 
 		 529 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  43.25 
 
 		 658 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 658 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.89 
 
 		 505 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  44.62 
 
 		 658 aa  366  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 658 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 658 aa  365  1e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  43.06 
 
 		 658 aa  365  1e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  40.67 
 
 		 535 aa  364  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  45.61 
 
 		 546 aa  364  2e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 504 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 		 554 aa  363  5.0000000000000005e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  363  6e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  363  6e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  363  6e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 658 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  40.6 
 
 		 553 aa  362  8e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  361  2e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  360  2e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 550 aa  360  2e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 505 aa  360  2e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.63 
 
 		 490 aa  360  4e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  41.85 
 
 		 687 aa  360  4e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.18 
 
 		 504 aa  359  6e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  41.91 
 
 		 664 aa  358  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  42.47 
 
 		 667 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  42.47 
 
 		 667 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  40.31 
 
 		 574 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 516 aa  356  5e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  42.27 
 
 		 667 aa  356  5e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  43.37 
 
 		 520 aa  356  5.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  40.31 
 
 		 660 aa  355  8.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  42.07 
 
 		 667 aa  355  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 		 556 aa  355  1e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  40.67 
 
 		 542 aa  355  1e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  43.95 
 
 		 532 aa  354  2e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  37.21 
 
 		 671 aa  352  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  39.15 
 
 		 582 aa  352  7e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 		 661 aa  352  7e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.11 
 
 		 504 aa  352  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  42.06 
 
 		 662 aa  352  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 525 aa  351  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  40.4 
 
 		 550 aa  351  2e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  39.06 
 
 		 526 aa  350  3e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  42.6 
 
 		 548 aa  350  4e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  43.3 
 
 		 531 aa  350  5e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  41.82 
 
 		 516 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  41.82 
 
 		 516 aa  350  5e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  41.82 
 
 		 516 aa  349  6e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  37.02 
 
 		 653 aa  349  6e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  39.65 
 
 		 540 aa  348  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  41.61 
 
 		 516 aa  348  2e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  41.61 
 
 		 516 aa  347  2e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  41.61 
 
 		 516 aa  348  2e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  38.58 
 
 		 523 aa  348  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  42.24 
 
 		 583 aa  348  2e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  41.98 
 
 		 642 aa  347  2e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>