274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1389 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1389  putative deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 		 405 aa  817    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.359515  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2809  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  54.89 
 
 		 403 aa  390  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3370  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  45.61 
 
 		 410 aa  306  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0617  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  49.37 
 
 		 396 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.07426  n/a   
 
 
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NC_009091  P9301_15471  DNA photolyase-like protein  33.07 
 
 		 382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.111669  n/a   
 
 
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NC_008816  A9601_15621  DNA photolyase-like protein  32.72 
 
 		 384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.299984  n/a   
 
 
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NC_008817  P9515_15221  DNA photolyase-like protein  34.66 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.408051  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15661  DNA photolyase-like protein  33.86 
 
 		 371 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.652082 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1458  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  35.62 
 
 		 384 aa  229  5e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.89887  n/a   
 
 
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NC_007335  PMN2A_0728  putative DNA photolyase  32.8 
 
 		 371 aa  219  7e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.947552  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0011  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  41.76 
 
 		 270 aa  123  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.161683  normal  0.149093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  41.11 
 
 		 270 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1589  DNA photolyase FAD-binding  39.21 
 
 		 271 aa  120  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0245  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.99 
 
 		 298 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.51093  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0218  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  37.57 
 
 		 303 aa  116  8.999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  37.96 
 
 		 420 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1867  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  38.92 
 
 		 293 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.107933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0940  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  34.69 
 
 		 278 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.798898  normal  1 
 
 
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NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.02 
 
 		 459 aa  95.1  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.8 
 
 		 477 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.33 
 
 		 476 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.51 
 
 		 476 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.51 
 
 		 476 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.51 
 
 		 476 aa  91.3  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.1 
 
 		 500 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
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NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.51 
 
 		 469 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
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NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.71 
 
 		 497 aa  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.52 
 
 		 476 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
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NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.56 
 
 		 445 aa  91.3  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.82 
 
 		 481 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.44 
 
 		 476 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009632  SaurJH1_0731  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.5 
 
 		 457 aa  90.5  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009487  SaurJH9_0715  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.5 
 
 		 457 aa  90.5  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.721475  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.04 
 
 		 476 aa  90.1  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.42 
 
 		 474 aa  89.7  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.05 
 
 		 493 aa  89.7  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.05 
 
 		 493 aa  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.13 
 
 		 454 aa  89  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.45 
 
 		 480 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.03 
 
 		 497 aa  87.8  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.06 
 
 		 493 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  31.68 
 
 		 469 aa  87  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.55 
 
 		 453 aa  86.3  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.8 
 
 		 477 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.85 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.128536 
 
 
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NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.85 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.85 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
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NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.16 
 
 		 421 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  31.84 
 
 		 468 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.18 
 
 		 472 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.14 
 
 		 486 aa  84.3  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
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NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.9 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
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NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.78 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.78 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  32.7 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.34 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  32.7 
 
 		 456 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.7 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.55 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.55 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.55 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.35 
 
 		 493 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.35 
 
 		 512 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.54 
 
 		 484 aa  83.2  0.000000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
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NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32 
 
 		 474 aa  82.8  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.01 
 
 		 463 aa  82.8  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 		 470 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.15 
 
 		 479 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.84 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.46 
 
 		 473 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  31.73 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  31.73 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.86 
 
 		 491 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.4 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 		 477 aa  81.3  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.84 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.15 
 
 		 449 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
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NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.3 
 
 		 476 aa  80.5  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
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NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.63 
 
 		 476 aa  80.5  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.77 
 
 		 550 aa  80.5  0.00000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.16 
 
 		 476 aa  80.1  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  29.15 
 
 		 479 aa  80.1  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.06 
 
 		 475 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.23 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.14 
 
 		 473 aa  79.7  0.00000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.5 
 
 		 475 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
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NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32 
 
 		 473 aa  79.7  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.21 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
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NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.84 
 
 		 490 aa  79.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.87 
 
 		 469 aa  79.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
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NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.17 
 
 		 484 aa  79.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.59 
 
 		 500 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.17 
 
 		 456 aa  79.3  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.22 
 
 		 470 aa  79.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal  1 
 
 
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NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.5 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
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