More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4806 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  100 
 
 		 136 aa  280  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  50 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  44.74 
 
 		 479 aa  107  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  43.97 
 
 		 481 aa  100  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  41.44 
 
 		 510 aa  95.9  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  45.56 
 
 		 499 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  45.56 
 
 		 499 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  44.44 
 
 		 516 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  44.44 
 
 		 520 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  44.44 
 
 		 516 aa  89.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  36.69 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  35.85 
 
 		 217 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  31.69 
 
 		 189 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  36.28 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  42.86 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 268 aa  77.8  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  33.33 
 
 		 203 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 158 aa  76.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1876  hypothetical protein  34.38 
 
 		 775 aa  75.1  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  32.35 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 147 aa  74.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  33.02 
 
 		 205 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.38 
 
 		 759 aa  71.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  35.56 
 
 		 202 aa  70.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 197 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1565  cytochrome c class I  38.71 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  33.71 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  37.08 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  32.5 
 
 		 773 aa  67.8  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  33.02 
 
 		 548 aa  66.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 424 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  34.65 
 
 		 587 aa  65.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  33.98 
 
 		 577 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  30.89 
 
 		 762 aa  64.7  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  38.71 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1243  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.42 
 
 		 424 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.154169  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  34.41 
 
 		 440 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  39.13 
 
 		 432 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  27.27 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.98 
 
 		 601 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  32.81 
 
 		 1068 aa  61.6  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.08 
 
 		 425 aa  61.6  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2513  hypothetical protein  34.58 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  33.94 
 
 		 331 aa  60.5  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 429 aa  60.1  0.000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0037  cytochrome c class I  36.96 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113855  normal  0.0169208 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0431  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.472304 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.46 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  37.78 
 
 		 432 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 156 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5782  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  31.53 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00253495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  36.9 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  26.62 
 
 		 407 aa  58.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 432 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.46 
 
 		 432 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.46 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  30.84 
 
 		 773 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5206  cytochrome c class I  31.46 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  39.36 
 
 		 1055 aa  57.8  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 432 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  31.93 
 
 		 437 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  34.38 
 
 		 477 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.2 
 
 		 477 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.26 
 
 		 432 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.54 
 
 		 469 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.31 
 
 		 699 aa  57  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  32 
 
 		 475 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2877  cytochrome c family protein  36.46 
 
 		 430 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32 
 
 		 475 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  32 
 
 		 475 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 432 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  36.46 
 
 		 430 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  30 
 
 		 669 aa  55.8  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  32 
 
 		 470 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  35.78 
 
 		 463 aa  56.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  37.3 
 
 		 544 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  36.46 
 
 		 430 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  36.46 
 
 		 430 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  28.57 
 
 		 675 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  34.96 
 
 		 385 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  31.18 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.97 
 
 		 575 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  34.83 
 
 		 377 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  34.83 
 
 		 377 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  31.36 
 
 		 391 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>