More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5323 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  632  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  69.39 
 
 		 294 aa  434  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  57.28 
 
 		 300 aa  362  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 299 aa  360  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  57.72 
 
 		 304 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 292 aa  355  5.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 308 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 293 aa  310  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 296 aa  308  6.999999999999999e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 295 aa  301  9e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 293 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.88 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.31 
 
 		 305 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  39.67 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  198  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 342 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 319 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 324 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>