More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5727 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5727  hypothetical protein  100 
 
 		 395 aa  799    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0500191  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3322  hypothetical protein  62.09 
 
 		 392 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0572768 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4805  MATE efflux family protein  59.04 
 
 		 868 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5346  hypothetical protein  51.19 
 
 		 390 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5853  hypothetical protein  49.74 
 
 		 390 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0355  hypothetical protein  50.55 
 
 		 389 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6766  hypothetical protein  49.2 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2419  hypothetical protein  50.4 
 
 		 390 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.337062 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3552  hypothetical protein  48.19 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1812  methionine gamma-lyase  40.86 
 
 		 397 aa  259  4e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1550  cystathionine gamma-lyase  37.27 
 
 		 379 aa  259  4e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1501  cystathionine gamma-lyase  37.27 
 
 		 379 aa  259  6e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2643  methionine gamma-lyase  39.55 
 
 		 397 aa  256  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2545  methionine gamma-lyase  39.85 
 
 		 397 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.229973  normal  0.0274745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2477  methionine gamma-lyase  39.29 
 
 		 397 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.634477  hitchhiker  0.00203865 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1242  methionine gamma-lyase  40.37 
 
 		 392 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142707 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1645  methionine gamma-lyase  38.95 
 
 		 397 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08000  Cystathionine gamma-synthase  34.47 
 
 		 392 aa  249  4e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.272555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2732  methionine gamma-lyase  38.95 
 
 		 397 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0967216 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1507  methionine gamma-lyase  38.67 
 
 		 397 aa  249  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1860  cystathionine gamma-synthase  37.7 
 
 		 393 aa  248  1e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1622  methionine gamma-lyase  38.68 
 
 		 397 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858824  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1611  methionine gamma-lyase  38.42 
 
 		 397 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0831  cystathionine gamma-synthase/cystathionine beta-lyase  38.63 
 
 		 380 aa  245  9.999999999999999e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0291716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1705  methionine gamma-lyase  37.63 
 
 		 413 aa  243  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232873  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0293  cystathionine gamma-lyase  39.31 
 
 		 380 aa  242  7e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000375953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1383  Cystathionine gamma-synthase  36.93 
 
 		 376 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000104291  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2521  methionine gamma-lyase  37.3 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.979889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2491  methionine gamma-lyase  38.01 
 
 		 391 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409606 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3023  cystathionine gamma-synthase  35.47 
 
 		 394 aa  237  2e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.033254  normal  0.454805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1963  Cystathionine gamma-lyase  35.87 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.86057  normal  0.364371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3095  methionine gamma-lyase  36.04 
 
 		 392 aa  233  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000416356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0915  methionine gamma-lyase  37.63 
 
 		 397 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4541  methionine gamma-lyase  37.86 
 
 		 398 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3333  Cystathionine gamma-synthase  35.71 
 
 		 393 aa  231  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1369  methionine gamma-lyase  36.87 
 
 		 394 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19570  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  32.8 
 
 		 397 aa  231  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3581  cystathionine beta-lyase  37.03 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2737  methionine gamma-lyase  36.29 
 
 		 400 aa  230  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  37.09 
 
 		 383 aa  230  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3326  methionine gamma-lyase  36.84 
 
 		 396 aa  229  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000189507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2799  cystathionine gamma-synthase  36.07 
 
 		 386 aa  229  6e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000029873  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1288  cystathionine gamma-lyase  37.98 
 
 		 379 aa  229  8e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.076956  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2474  cystathionine beta-lyase  36.94 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0842  cystathionine gamma-synthase  36.87 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.905806  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1160  cystathionine gamma-synthase  34.22 
 
 		 399 aa  228  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281117 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21510  Cystathionine beta-lyase  36.79 
 
 		 388 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3986  Cystathionine gamma-lyase  38.21 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.891529 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2737  Cystathionine gamma-synthase  38.11 
 
 		 391 aa  228  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00149474  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.99 
 
 		 403 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0659  cystathionine gamma-synthase  35.12 
 
 		 423 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1667  cystathionine gamma-synthase  38.97 
 
 		 367 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.29 
 
 		 389 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2455  cystathionine gamma-synthase  34.33 
 
 		 392 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.250511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2200  methionine gamma-lyase  36.32 
 
 		 401 aa  226  6e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0407329  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  37.6 
 
 		 393 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.71 
 
 		 394 aa  226  8e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4416  methionine gamma-lyase  37.04 
 
 		 398 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1308  methionine gamma-lyase  36.87 
 
 		 398 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4388  methionine gamma-lyase  35.37 
 
 		 392 aa  224  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4398  methionine gamma-lyase  35.37 
 
 		 392 aa  225  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.011495  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27220  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  38.42 
 
 		 407 aa  225  1e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  37.16 
 
 		 397 aa  225  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0798  methionine gamma-lyase  36.48 
 
 		 396 aa  225  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4791  methionine gamma-lyase  35.28 
 
 		 392 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113128  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0482  cystathionine gamma-synthase  34.84 
 
 		 380 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0495  cystathionine gamma-synthase  34.84 
 
 		 380 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00257874  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3821  Cystathionine gamma-synthase  36.17 
 
 		 408 aa  224  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0450  methionine gamma-lyase  37.4 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3588  cystathionine beta-lyase  36.41 
 
 		 388 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4484  methionine gamma-lyase  35.11 
 
 		 392 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1551  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  37.09 
 
 		 407 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.75247  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.46 
 
 		 399 aa  223  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1401  cystathionine gamma-synthase  34.83 
 
 		 392 aa  223  3e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2245  methionine gamma-lyase  33.79 
 
 		 390 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0886  cystathionine beta-lyase  35.05 
 
 		 394 aa  224  3e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1630  Cystathionine beta-lyase  38.81 
 
 		 386 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3161  cystathionine beta-lyase  38.15 
 
 		 896 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4789  methionine gamma-lyase  35.28 
 
 		 392 aa  223  6e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000018806  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0801  cystathionine gamma-synthase  35.64 
 
 		 367 aa  223  6e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.81 
 
 		 402 aa  223  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0979  cystathionine beta-lyase  37.8 
 
 		 377 aa  223  6e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0693  cystathionine gamma-synthase  34.85 
 
 		 423 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0520598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4553  methionine gamma-lyase  35.09 
 
 		 391 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.299968  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4906  methionine gamma-lyase  35.09 
 
 		 391 aa  222  7e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1086  cystathionine gamma-synthase  33.08 
 
 		 401 aa  222  7e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4772  methionine gamma-lyase  35.11 
 
 		 392 aa  222  9e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4763  methionine gamma-lyase  35.28 
 
 		 391 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00296748  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3857  cystathionine gamma-synthase  36.36 
 
 		 378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0318176  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03157  cystathionine gamma-synthase (CGS) (O-succinylhomoserine(Thiol)-lyase)  36 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0779579  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  35.61 
 
 		 414 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  35.89 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0771  methionine gamma-lyase  36.32 
 
 		 399 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.153007  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3084  cystathionine beta-lyase  35.99 
 
 		 377 aa  220  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.966725  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1989  cysteine synthase / cystathionine gamma-synthase  36.1 
 
 		 378 aa  220  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.485291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2665  cystathionine gamma-synthase  35.66 
 
 		 402 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.6869  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2664  cystathionine gamma-synthase  35.37 
 
 		 393 aa  220  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  38.36 
 
 		 403 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  36.44 
 
 		 404 aa  220  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  33.25 
 
 		 396 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>