More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1907 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  100 
 
 
389 aa  795    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  72.18 
 
 
392 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.61 
 
 
393 aa  567  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  70.77 
 
 
395 aa  567  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.37 
 
 
394 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.21 
 
 
404 aa  522  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.21 
 
 
404 aa  522  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.69 
 
 
394 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.37 
 
 
403 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  67.53 
 
 
396 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.3 
 
 
405 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
423 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.62 
 
 
402 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
396 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
405 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
423 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
423 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.49 
 
 
393 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.29 
 
 
396 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
423 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.41 
 
 
402 aa  509  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.05 
 
 
396 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.69 
 
 
396 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.56 
 
 
401 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.94 
 
 
396 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.19 
 
 
403 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.53 
 
 
396 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.69 
 
 
396 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.94 
 
 
396 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.88 
 
 
383 aa  499  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.93 
 
 
396 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.57 
 
 
397 aa  501  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2459  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.65 
 
 
402 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00148709  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.78 
 
 
410 aa  501  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1608  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.56 
 
 
411 aa  497  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.8 
 
 
403 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.66 
 
 
406 aa  497  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.53 
 
 
410 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.45 
 
 
399 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1689  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.82 
 
 
413 aa  489  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.79324 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.62 
 
 
397 aa  487  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3810  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.19 
 
 
403 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.92 
 
 
403 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.14 
 
 
403 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2071  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.95 
 
 
397 aa  477  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.667467  normal  0.823205 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1268  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.05 
 
 
402 aa  476  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.373712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.97 
 
 
403 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1551  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.52 
 
 
407 aa  471  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.75247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.1 
 
 
403 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.28 
 
 
404 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2001  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.84 
 
 
403 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3760  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.57 
 
 
403 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.192892  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1535  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.57 
 
 
403 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.47488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3758  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.76 
 
 
406 aa  461  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00999725  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.73 
 
 
407 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1864  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.82 
 
 
411 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2735  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.47 
 
 
404 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484206  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2150  cystathionine gamma-synthase  60.93 
 
 
414 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.17 
 
 
391 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.47 
 
 
452 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0722667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2225  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.22 
 
 
404 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.833274  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.22 
 
 
396 aa  436  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1730  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.32 
 
 
434 aa  422  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000563319  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.36 
 
 
396 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0798  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.62 
 
 
422 aa  408  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.40297  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0792  cystathionine gamma-synthase  52.81 
 
 
424 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145563  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.09 
 
 
397 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1496  cystathionine gamma-lyase  48.07 
 
 
390 aa  400  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.51 
 
 
394 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1942  cystathionine gamma-synthase  51.55 
 
 
396 aa  401  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00385575  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.97 
 
 
406 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1998  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.74 
 
 
409 aa  395  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.469724 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  46.74 
 
 
388 aa  393  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.01 
 
 
402 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_004310  BR0305  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50 
 
 
398 aa  385  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226958  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0318  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50 
 
 
401 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1661  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.87 
 
 
394 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.224768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.57 
 
 
422 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  49.08 
 
 
414 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.87 
 
 
408 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.24 
 
 
406 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0398  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.47 
 
 
397 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50 
 
 
403 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3645  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.72 
 
 
402 aa  375  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35030  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.53 
 
 
417 aa  377  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2947  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.72 
 
 
419 aa  377  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2665  cystathionine gamma-synthase  47.77 
 
 
402 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.6869  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0538  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.29 
 
 
412 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0985823  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4904  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.17 
 
 
401 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.247924  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0516  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.56 
 
 
412 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0526  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.29 
 
 
412 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0098  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.69 
 
 
396 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2639  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  45.69 
 
 
391 aa  375  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.1 
 
 
400 aa  375  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3214  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.38 
 
 
413 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3860  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.35 
 
 
402 aa  373  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0133  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.15 
 
 
394 aa  371  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.765641  normal  0.668156 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0180  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.23 
 
 
394 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.921077 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1038  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.92 
 
 
408 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3732  Cystathionine gamma-lyase  49.48 
 
 
393 aa  369  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.136347 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>