More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1308 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1308  methionine gamma-lyase  100 
 
 		 398 aa  816    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0915  methionine gamma-lyase  95.18 
 
 		 397 aa  769    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4416  methionine gamma-lyase  98.99 
 
 		 398 aa  806    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4541  methionine gamma-lyase  96.22 
 
 		 398 aa  784    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0771  methionine gamma-lyase  67.53 
 
 		 399 aa  550  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.153007  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3649  methionine gamma-lyase  66.93 
 
 		 418 aa  543  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0798  methionine gamma-lyase  67.62 
 
 		 396 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2737  methionine gamma-lyase  66.06 
 
 		 400 aa  540  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0343  methionine gamma-lyase  57.44 
 
 		 393 aa  473  1e-132  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0652905 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2200  methionine gamma-lyase  55.95 
 
 		 401 aa  474  1e-132  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0407329  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0375  methionine gamma-lyase  59.64 
 
 		 394 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.739562  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0450  methionine gamma-lyase  58.35 
 
 		 399 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2455  cystathionine gamma-synthase  48.99 
 
 		 392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.250511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2245  methionine gamma-lyase  48.58 
 
 		 390 aa  399  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1705  methionine gamma-lyase  48.06 
 
 		 413 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232873  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2677  cystathionine gamma-synthase  47.29 
 
 		 394 aa  397  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1507  methionine gamma-lyase  50.52 
 
 		 397 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2732  methionine gamma-lyase  50.26 
 
 		 397 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0967216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1645  methionine gamma-lyase  50 
 
 		 397 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3095  methionine gamma-lyase  49.61 
 
 		 392 aa  391  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000416356 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1812  methionine gamma-lyase  50 
 
 		 397 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1611  methionine gamma-lyase  49.74 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2491  methionine gamma-lyase  49.87 
 
 		 391 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1622  methionine gamma-lyase  49.74 
 
 		 397 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858824  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2477  methionine gamma-lyase  50.52 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.634477  hitchhiker  0.00203865 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4484  methionine gamma-lyase  47.22 
 
 		 392 aa  383  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27220  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  51.02 
 
 		 407 aa  382  1e-105  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0472  methionine gamma-lyase  46.97 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0367851  hitchhiker  1.0145e-18 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2545  methionine gamma-lyase  50.52 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.229973  normal  0.0274745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2643  methionine gamma-lyase  50.52 
 
 		 397 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1369  methionine gamma-lyase  49.49 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4789  methionine gamma-lyase  46.46 
 
 		 392 aa  376  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000018806  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4763  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 391 aa  376  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00296748  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2521  methionine gamma-lyase  50.26 
 
 		 390 aa  378  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.979889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1242  methionine gamma-lyase  48.97 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142707 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4791  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113128  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4388  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 392 aa  375  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4398  methionine gamma-lyase  45.96 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.011495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4772  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 392 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1559  methionine gamma-lyase  49.22 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.950223  hitchhiker  0.000115216 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4553  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.299968  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3023  cystathionine gamma-synthase  46.65 
 
 		 394 aa  370  1e-101  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.033254  normal  0.454805 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4906  methionine gamma-lyase  46.21 
 
 		 391 aa  371  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3326  methionine gamma-lyase  45.57 
 
 		 396 aa  368  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000189507  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19570  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  44.92 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1160  cystathionine gamma-synthase  45.6 
 
 		 399 aa  367  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281117 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0011  methionine gamma-lyase  49.49 
 
 		 401 aa  358  7e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5637  Cystathionine gamma-lyase  46.89 
 
 		 379 aa  358  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2664  cystathionine gamma-synthase  47.53 
 
 		 393 aa  356  5e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08000  Cystathionine gamma-synthase  44.3 
 
 		 392 aa  355  5e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.272555  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4139  methionine gamma-lyase  49.1 
 
 		 390 aa  338  7e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0976  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  40.14 
 
 		 427 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.913845  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6240  O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase  43.6 
 
 		 429 aa  337  2.9999999999999997e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1588  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.12 
 
 		 426 aa  336  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2286  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.12 
 
 		 426 aa  335  7e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.0414346 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1758  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.02 
 
 		 428 aa  332  6e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00831826  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0710  cystathionine gamma-lyase  45.18 
 
 		 380 aa  331  1e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2339  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  43.26 
 
 		 443 aa  331  1e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0933  Cystathionine gamma-synthase  44.5 
 
 		 394 aa  330  3e-89  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1906  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.28 
 
 		 423 aa  329  4e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02525  Cystathionine gamma-synthase  44.36 
 
 		 380 aa  329  4e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4155  cystathionine gamma-lyase  45.45 
 
 		 378 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  normal  0.564931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1056  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.28 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  42.03 
 
 		 388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.75 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0316  methionine gamma-lyase  45.19 
 
 		 386 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.75 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.34 
 
 		 396 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0312  methionine gamma-lyase  44.94 
 
 		 386 aa  326  5e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0734  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  37.21 
 
 		 429 aa  325  8.000000000000001e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.12755  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2040  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  40.61 
 
 		 428 aa  325  9e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0425815  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0921  hypothetical protein  43.97 
 
 		 383 aa  325  1e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2908  Cystathionine gamma-lyase  42.78 
 
 		 379 aa  324  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.511064  hitchhiker  0.00000019039 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0842  cystathionine gamma-synthase  46.31 
 
 		 398 aa  324  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.905806  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0729  methionine gamma-lyase  44.94 
 
 		 386 aa  324  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0317  Methionine gamma-lyase  44.94 
 
 		 386 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1156  O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase  39.62 
 
 		 434 aa  323  4e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1227  cystathionine gamma-synthase  45.08 
 
 		 384 aa  322  5e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1309  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  39.62 
 
 		 428 aa  322  5e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0637456  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0028  O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase  41.84 
 
 		 433 aa  323  5e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558069  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3983  Cystathionine gamma-synthase  44.19 
 
 		 381 aa  323  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000782604  normal  0.941842 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4832  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  41.65 
 
 		 449 aa  322  6e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.280969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3249  cystathionine gamma-lyase  45.62 
 
 		 392 aa  322  7e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0500  cystathionine gamma-lyase  45.6 
 
 		 394 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2823  O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase  41.37 
 
 		 443 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.561199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6707  Cystathionine gamma-lyase  46.67 
 
 		 390 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.834142 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0702  Cystathionine gamma-synthase  45.34 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.558614  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2126  cystathionine gamma-lyase  42.28 
 
 		 387 aa  320  3e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2797  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  41.23 
 
 		 422 aa  320  3e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108502  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05230  cystathionine gamma-lyase  45.34 
 
 		 394 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2670  cystathionine gamma-synthase  43.58 
 
 		 400 aa  320  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.445899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4276  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  41.94 
 
 		 423 aa  319  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0979  cystathionine beta-lyase  45.83 
 
 		 377 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1842  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  38.86 
 
 		 430 aa  319  3.9999999999999996e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000076838  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1690  O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase  40.8 
 
 		 427 aa  319  6e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.755947  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0058  putative O-succinylhomoserine (thiol)-lyase  41.77 
 
 		 387 aa  319  6e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2831  cystathionine gamma-lyase  44.19 
 
 		 381 aa  318  7e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10022  normal  0.0538673 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.2 
 
 		 403 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2737  Cystathionine gamma-synthase  46.02 
 
 		 391 aa  318  1e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00149474  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3845  cystathionine gamma-lyase  44.33 
 
 		 388 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.333846  normal  0.984605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>