78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5650 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  100 
 
 		 114 aa  236  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  74.56 
 
 		 117 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  73.68 
 
 		 117 aa  176  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.59 
 
 		 222 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.03 
 
 		 220 aa  67.8  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.67 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.62 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  42.42 
 
 		 218 aa  62  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.27 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.03 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  36.84 
 
 		 220 aa  60.5  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.88 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  44.44 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.88 
 
 		 221 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.38 
 
 		 228 aa  57.8  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.88 
 
 		 221 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.88 
 
 		 221 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  33.33 
 
 		 243 aa  57  0.00000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  36.36 
 
 		 223 aa  57  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  28.1 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  40.58 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.18 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.27 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.76 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.54 
 
 		 212 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.98 
 
 		 241 aa  54.3  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.27 
 
 		 222 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.76 
 
 		 262 aa  53.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.44 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  38.46 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.44 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.44 
 
 		 243 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.51 
 
 		 228 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.1 
 
 		 236 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.05 
 
 		 216 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.85 
 
 		 231 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.1 
 
 		 244 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.43 
 
 		 222 aa  50.8  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.92 
 
 		 227 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.21 
 
 		 228 aa  50.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  34.92 
 
 		 219 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  28.3 
 
 		 219 aa  49.7  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  39.06 
 
 		 223 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.12 
 
 		 211 aa  50.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  28.83 
 
 		 219 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  39.66 
 
 		 228 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.91 
 
 		 235 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.36 
 
 		 231 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.38 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.98 
 
 		 136 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 230 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.85 
 
 		 224 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.98 
 
 		 246 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.87 
 
 		 235 aa  47  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.36 
 
 		 231 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.29 
 
 		 231 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.91 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 222 aa  46.2  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 224 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.71 
 
 		 249 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  34.31 
 
 		 246 aa  45.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  38.36 
 
 		 223 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 223 aa  45.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.84 
 
 		 214 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  37.66 
 
 		 223 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.17 
 
 		 212 aa  43.9  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.69 
 
 		 206 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  36.49 
 
 		 219 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  40 
 
 		 226 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.68 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  37.68 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.23 
 
 		 214 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  33.67 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  31.75 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.14 
 
 		 235 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  32.39 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>