More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5093 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5093  transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6702  transcriptional regulator, IclR family  82.4 
 
 		 277 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.136407 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5802  transcriptional regulator, IclR family  82.4 
 
 		 277 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0468871 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2989  regulatory protein IclR  74.72 
 
 		 275 aa  423  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2705  transcriptional regulator, IclR family  56.63 
 
 		 290 aa  295  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2508  regulatory proteins, IclR  33.33 
 
 		 254 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.750932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3087  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0787215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2780  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 254 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4551  regulatory protein IclR  30.5 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6385  transcriptional regulator, IclR family  30.54 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.040112  normal  0.0189266 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0970  IclR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 258 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0997  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0939  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3112  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6681  IclR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 273 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  24.8 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 267 aa  86.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  24.77 
 
 		 254 aa  85.5  8e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 261 aa  85.5  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  22.27 
 
 		 257 aa  85.5  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  25.2 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  26.1 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.91 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.91 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.19 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.19 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 276 aa  83.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  24.4 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  24.4 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  24.5 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3002  transcriptional regulator, IclR family  26.8 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.169737  normal  0.0961042 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  22.92 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0569  transcriptional regulator, IclR family  21.6 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  27.31 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  25.73 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  26 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9117  IclR family transciptional regulator  28.44 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3103  transcriptional regulator, IclR family  25.73 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3121  transcriptional regulator, IclR family  25.31 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  24.51 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2883  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0306717  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3098  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0903257  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  24.68 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0624  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.68 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0565  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.68 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.988218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0563  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.68 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0570  DNA-binding transcriptional repressor AllR  25.68 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2147  transcriptional regulator, IclR family  25.31 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2811  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.667309  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  27.64 
 
 		 254 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0817  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.539423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2778  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0655324  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 269 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  26.48 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4105  transcriptional regulator, IclR family  25.4 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  23.81 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  23.44 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  24.43 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  27.51 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4923  regulatory proteins, IclR  25.43 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3913  transcriptional regulator, IclR family  24.4 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0807  IclR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.190425 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  24.24 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  24.24 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  24.24 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  24.24 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 269 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>