More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3548 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 318 aa  631  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  78.62 
 
 		 329 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  75.4 
 
 		 316 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  43.43 
 
 		 301 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 320 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  42.12 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 318 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 332 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  34.59 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.82 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.85 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 310 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  30.17 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 307 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  31.62 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>