More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1513 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 260 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  76.54 
 
 		 261 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  76.15 
 
 		 261 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  75.73 
 
 		 269 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  69.5 
 
 		 267 aa  367  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  69.5 
 
 		 267 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  71.12 
 
 		 266 aa  349  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  67.69 
 
 		 268 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  69.66 
 
 		 247 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  69.66 
 
 		 268 aa  342  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  66.53 
 
 		 268 aa  333  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  66.53 
 
 		 268 aa  333  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  65.83 
 
 		 261 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  65.69 
 
 		 254 aa  325  5e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  64.98 
 
 		 240 aa  322  5e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  62.6 
 
 		 261 aa  321  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  62.2 
 
 		 261 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.46 
 
 		 262 aa  315  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  59.46 
 
 		 262 aa  315  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  59.22 
 
 		 263 aa  313  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  65.09 
 
 		 261 aa  310  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  58.91 
 
 		 263 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  58.69 
 
 		 262 aa  310  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  61.04 
 
 		 263 aa  308  8e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 		 261 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  58.4 
 
 		 268 aa  298  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.92 
 
 		 267 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  58.14 
 
 		 263 aa  289  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  56.67 
 
 		 275 aa  289  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  56.67 
 
 		 275 aa  288  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  56.78 
 
 		 274 aa  288  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  59.03 
 
 		 266 aa  278  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  58.7 
 
 		 266 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  53.41 
 
 		 274 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  53.41 
 
 		 274 aa  276  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 		 260 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  55.23 
 
 		 269 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  52.11 
 
 		 274 aa  265  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  54.29 
 
 		 265 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  52.32 
 
 		 265 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  51.26 
 
 		 264 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 266 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  44.68 
 
 		 265 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 260 aa  191  9e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  41.53 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  41.74 
 
 		 275 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  40.68 
 
 		 268 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 263 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 		 267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  37.26 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 266 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  37.94 
 
 		 268 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  34.58 
 
 		 276 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  35.17 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  37.13 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.98 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.58 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  36.8 
 
 		 295 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  31.88 
 
 		 278 aa  125  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  36.8 
 
 		 295 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  37.55 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.89 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 268 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  30.68 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  36.29 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.65 
 
 		 264 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  36.95 
 
 		 271 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  36.08 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  32.17 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  32.82 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  33.07 
 
 		 273 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  40.57 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  39.77 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>