More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4065 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 264 aa  526  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  79.62 
 
 		 265 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  79.62 
 
 		 265 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  59.68 
 
 		 266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  59.4 
 
 		 266 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  60.48 
 
 		 263 aa  302  4.0000000000000003e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  52.55 
 
 		 261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  52.4 
 
 		 269 aa  261  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.97 
 
 		 261 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  51 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  53.02 
 
 		 261 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  52.16 
 
 		 261 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  54.63 
 
 		 261 aa  254  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  52.59 
 
 		 261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  53.16 
 
 		 261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  50.59 
 
 		 260 aa  252  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  47.41 
 
 		 267 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 		 263 aa  238  6.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  50.68 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  46.96 
 
 		 267 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  49.16 
 
 		 275 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  49.58 
 
 		 275 aa  234  8e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  45.68 
 
 		 262 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.68 
 
 		 262 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  46.49 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.5 
 
 		 267 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  46.31 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  45.65 
 
 		 247 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  42.91 
 
 		 268 aa  224  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  45.65 
 
 		 268 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  45.65 
 
 		 268 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  42.52 
 
 		 268 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  44.86 
 
 		 262 aa  223  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 		 274 aa  222  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.66 
 
 		 274 aa  221  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  47.81 
 
 		 268 aa  221  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 		 263 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.88 
 
 		 274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  42.06 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 		 269 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  43.87 
 
 		 274 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  43.24 
 
 		 265 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  38.19 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  38.17 
 
 		 275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  37.34 
 
 		 268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 267 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  39.24 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 266 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 		 266 aa  145  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 268 aa  141  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 265 aa  135  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  32.63 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  33.62 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  31.36 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 277 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  32.33 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  29.18 
 
 		 275 aa  105  6e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  28.16 
 
 		 281 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  34.34 
 
 		 267 aa  105  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3922  extracellular solute-binding protein family 3  29.33 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.0650452 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.48 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  30.8 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  29.96 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 274 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.46 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 274 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 274 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.8 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  27.41 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  30.8 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 271 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 		 267 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.42 
 
 		 264 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 275 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  29.54 
 
 		 264 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  33.07 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  29.11 
 
 		 264 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  30.8 
 
 		 278 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 246 aa  95.5  7e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  30.68 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>