More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0130 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0130  Transketolase central region  100 
 
 		 351 aa  724    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5637  transketolase subunit B  31.68 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  29.94 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  29.5 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  29.14 
 
 		 347 aa  140  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  27.24 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  28.62 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2287  transketolase central region  32.65 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2126  Transketolase domain protein  31.35 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  29.39 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  29.39 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  28.05 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  28.05 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  30.03 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  29.89 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  29.89 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  29.77 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  29.5 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  28.53 
 
 		 312 aa  133  6e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3397  Transketolase central region  30.77 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  28.41 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  28.99 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  27.78 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  28.57 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3641  transketolase, central region  29.19 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0261  Transketolase central region  28.86 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.885505 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  27.47 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  30.37 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  29.53 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  31.42 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3003  transketolase central region  30.63 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  29.5 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2041  transketolase central region  31.03 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.522483 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  27.96 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0894  transketolase subunit B  32.28 
 
 		 314 aa  129  8.000000000000001e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2032  Transketolase domain protein  29.7 
 
 		 318 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.262756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4663  transketolase central region  31.72 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  27.13 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  31.83 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  28.75 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  29.19 
 
 		 332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0682016 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3958  transketolase subunit B  28.4 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.158278  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  28.41 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  29.1 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  30.29 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  28.82 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  29.41 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  29.25 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  27.16 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  28.4 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5659  Transketolase central region  29.86 
 
 		 333 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252415  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14551  transketolase C-terminal subunit  27.48 
 
 		 304 aa  126  7e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  29.32 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  28.61 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  28.62 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6255  transketolase central region  28.37 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.156319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0789  transketolase central region  31.79 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  29.02 
 
 		 327 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  28.03 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  26.54 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  28.03 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0718  transketolase, central region  29.72 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  26.23 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  29.15 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  29.68 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4383  Transketolase central region  29.41 
 
 		 342 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967269  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3618  transketolase subunit B  28.88 
 
 		 331 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189872  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1058  transketolase subunit B  30.71 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2800  Transketolase central region  27.59 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  29.36 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  26.97 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  25.62 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0652  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  30 
 
 		 631 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  28.75 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  26.54 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  26.15 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  26.67 
 
 		 312 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3362  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  30.65 
 
 		 635 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0883  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  30.89 
 
 		 635 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000207097 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  27.88 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0407  transketolase central region  29.19 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0194561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2699  transketolase subunit B  28.48 
 
 		 288 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0406  Transketolase central region  27.3 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  27.19 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  27.3 
 
 		 308 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2506  Transketolase central region  28.79 
 
 		 343 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.165482 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  27.24 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0796  Transketolase central region  31.29 
 
 		 316 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  28.09 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1718  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  29 
 
 		 641 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0789997  normal  0.8348 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  27.05 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  27.93 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  26.52 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  26.91 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  28.4 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  27.03 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  25.78 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3347  Transketolase central region  28.48 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.027962  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  28.7 
 
 		 314 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2444  transketolase subunit B  25.99 
 
 		 313 aa  113  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>