More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1714 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  100 
 
 		 145 aa  282  8e-76  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  41.43 
 
 		 162 aa  87.4  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  41.43 
 
 		 162 aa  87.4  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  41.43 
 
 		 162 aa  87.4  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0919  transcription antitermination factor NusB  41.86 
 
 		 160 aa  85.5  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  37.12 
 
 		 165 aa  85.5  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  41.88 
 
 		 136 aa  84.7  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  39.42 
 
 		 145 aa  84.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  39.72 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  40.68 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  39.01 
 
 		 164 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 163 aa  81.6  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  40.68 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  47.62 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  38.21 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  38.21 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  38.52 
 
 		 143 aa  80.9  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  38.21 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  34.09 
 
 		 171 aa  80.5  0.000000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 168 aa  80.5  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 164 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  41.46 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  40 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  34.25 
 
 		 165 aa  78.6  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0276  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  51.28 
 
 		 235 aa  77.4  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  51.28 
 
 		 211 aa  77.4  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  40 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  40 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 140 aa  76.3  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  37.12 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2334  transcription antitermination factor NusB  41.27 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.225002  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  37.78 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  35.16 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  35.61 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  29.69 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  41.8 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  47.62 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  45.98 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  30.58 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  36.69 
 
 		 143 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  38.06 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  40.98 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5041  transcription antitermination protein NusB  42.86 
 
 		 212 aa  73.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.264759 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  39.52 
 
 		 138 aa  73.9  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0880  NusB antitermination factor  41.38 
 
 		 137 aa  73.9  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  35.51 
 
 		 153 aa  73.9  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  36.15 
 
 		 190 aa  73.6  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  32.35 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  46.43 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  30.89 
 
 		 145 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0698  NusB antitermination factor  34.56 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0669968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4342  transcription antitermination protein NusB  48.15 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00091  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  37.29 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1752  NusB antitermination factor  25.2 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  40.31 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  35.77 
 
 		 195 aa  72  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  34.33 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  36.67 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  38.89 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  34.17 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  34.33 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  35 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  35.07 
 
 		 143 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  38.1 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  43.02 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  39.36 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  34.75 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  38.2 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  35.82 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1589  NusB antitermination factor  44.44 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0010  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.728804  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  36.22 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  35.59 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  37.4 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2471  transcription antitermination protein NusB  41.57 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.526539  hitchhiker  0.00000000554853 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0737  transcription antitermination protein NusB  42.68 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.783199 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  32.52 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1336  transcription antitermination protein NusB  45.45 
 
 		 208 aa  67.8  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  35.61 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  34.68 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>