More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeh_3379 on replicon NC_007760
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007760  Adeh_3379  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
300 aa  564  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3462  pseudouridine synthase, RluA family  93.71 
 
 
287 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.16381  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3526  pseudouridine synthase, RluA family  92.66 
 
 
287 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.276057  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3442  RluA family pseudouridine synthase  80 
 
 
295 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.56048 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
293 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 
300 aa  205  9e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.69 
 
 
300 aa  203  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.8 
 
 
302 aa  202  6e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  46.35 
 
 
352 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
353 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 
353 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.16 
 
 
310 aa  186  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.69 
 
 
319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.61 
 
 
322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  44.15 
 
 
299 aa  179  5.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  36.31 
 
 
315 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  36.54 
 
 
320 aa  176  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  36.79 
 
 
313 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  36.69 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.67 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33 
 
 
308 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.78 
 
 
303 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 
306 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.77 
 
 
306 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.56 
 
 
305 aa  169  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.4 
 
 
315 aa  167  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  39.74 
 
 
316 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.97 
 
 
318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  36.98 
 
 
319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.69 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.78 
 
 
313 aa  161  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  36.43 
 
 
334 aa  161  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  36.66 
 
 
319 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.18 
 
 
343 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 
316 aa  159  5e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  36.57 
 
 
326 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.85 
 
 
306 aa  158  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.56 
 
 
305 aa  158  8e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.19 
 
 
304 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 
541 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.58 
 
 
331 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  33 
 
 
302 aa  156  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.97 
 
 
323 aa  155  6e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.64 
 
 
347 aa  155  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.28 
 
 
346 aa  155  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.13 
 
 
308 aa  155  9e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  33.54 
 
 
363 aa  154  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  38.8 
 
 
341 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  35.98 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  37.05 
 
 
327 aa  152  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.59 
 
 
334 aa  152  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.41 
 
 
334 aa  152  5e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  36.56 
 
 
342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.59 
 
 
347 aa  152  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  38.79 
 
 
332 aa  152  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 
329 aa  152  8e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  30.25 
 
 
297 aa  152  8.999999999999999e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.87 
 
 
302 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.16 
 
 
313 aa  151  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.38 
 
 
321 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.45 
 
 
306 aa  151  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
345 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.99 
 
 
302 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.16 
 
 
319 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.99 
 
 
302 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.03 
 
 
343 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
310 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  39.03 
 
 
343 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 
337 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 
314 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.99 
 
 
302 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.99 
 
 
302 aa  150  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  31.99 
 
 
302 aa  150  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  25.9 
 
 
337 aa  149  5e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.99 
 
 
302 aa  149  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  30.13 
 
 
313 aa  149  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  34.34 
 
 
323 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  36.07 
 
 
323 aa  148  9e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  35.31 
 
 
376 aa  148  9e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  36.53 
 
 
370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  36.67 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.67 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  36.76 
 
 
370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.55 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  32.09 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.72 
 
 
319 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  34.42 
 
 
482 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  29.53 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  28.97 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.65 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 
304 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.9 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.04 
 
 
343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 
377 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 
315 aa  145  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>