286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6245 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 264 aa  512  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  57.84 
 
 		 327 aa  246  3e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  39.93 
 
 		 344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  45.35 
 
 		 324 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  47.39 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  46.05 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  50.22 
 
 		 320 aa  165  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  47.16 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  40.43 
 
 		 333 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  39.05 
 
 		 330 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  33.7 
 
 		 352 aa  138  8.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  39.19 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  35.78 
 
 		 332 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  39.7 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  36.82 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.88 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  33.47 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  29.78 
 
 		 344 aa  126  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.51 
 
 		 344 aa  125  5e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  36.82 
 
 		 330 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  36.21 
 
 		 344 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  38.79 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  39.65 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  45 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  35.91 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.43 
 
 		 336 aa  116  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  32.76 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.35 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  36.79 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  32.75 
 
 		 336 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  35.95 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  37.61 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  25.74 
 
 		 350 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.62 
 
 		 363 aa  107  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  32.65 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  29.11 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 		 336 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 360 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  33.95 
 
 		 417 aa  102  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.3 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  28.81 
 
 		 346 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  34.32 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  38.83 
 
 		 348 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 345 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.29 
 
 		 343 aa  99.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  34.42 
 
 		 337 aa  99.8  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  31.31 
 
 		 339 aa  99.8  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  32.23 
 
 		 339 aa  99.8  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  28.18 
 
 		 353 aa  99.4  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  31.2 
 
 		 349 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  29.36 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.17 
 
 		 381 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  29.91 
 
 		 339 aa  97.4  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  24.55 
 
 		 342 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  28.45 
 
 		 348 aa  97.8  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.46 
 
 		 332 aa  97.1  3e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  38.73 
 
 		 345 aa  97.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.65 
 
 		 331 aa  96.7  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  31.65 
 
 		 345 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  31.65 
 
 		 359 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  34.76 
 
 		 326 aa  95.5  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  34.93 
 
 		 350 aa  95.5  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  26.43 
 
 		 323 aa  95.1  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.36 
 
 		 349 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  29.87 
 
 		 348 aa  94.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.38 
 
 		 350 aa  94.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  26.89 
 
 		 366 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.65 
 
 		 337 aa  93.6  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  27.97 
 
 		 338 aa  93.2  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  34.48 
 
 		 346 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  34.48 
 
 		 346 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  24.15 
 
 		 316 aa  92.8  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  37.44 
 
 		 331 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  32.21 
 
 		 345 aa  92.8  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  33.01 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  30.73 
 
 		 344 aa  92.4  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  30.49 
 
 		 306 aa  92.4  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.45 
 
 		 343 aa  92.4  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 308 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.11 
 
 		 361 aa  91.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  37.65 
 
 		 368 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  30.29 
 
 		 341 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.91 
 
 		 330 aa  90.9  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  31.6 
 
 		 341 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  33.78 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.7 
 
 		 343 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  37.65 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.02 
 
 		 342 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  26.72 
 
 		 328 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  26.7 
 
 		 343 aa  89.4  5e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  29.36 
 
 		 317 aa  89  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  39.71 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  33.02 
 
 		 326 aa  89  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 349 aa  89  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  28.44 
 
 		 391 aa  88.6  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.81 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  30.07 
 
 		 343 aa  88.2  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  30.29 
 
 		 349 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  29.52 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>